bed

原文：http://blog.csdn.net/biubiuv/article/details/40348135 BED 文件格式  BED 文件格式提供了一种灵活的方式来定义的数据行，以用来描述注释信息，用于展示序列注释信息。  BED行有3个必须的列和9个额外可选的列。 以tab隔开。每行的数据格式要求一致。 必须包含的3列：    1.  chrom  - 染色体名字(e.g. chr3，c

1、什么是bed格式 1、文本文件 2、表明基因组的一段区域 3、标准的bed文件最少三列，最多十二列 eg：1、chrom 孔  2、start 开始 3、end 结束 4、name 名称 5、score 存一个数 6、 strand + or - 2、bed格式的使用 1、储存基因区 2、储存基因组的某些位点信息 3、储存CHIP-seq、ATAC-seq等的富集的peak信息 3、bedto

bed12tobed6 #convert2bed #convert2bed --input=gtf [–output=fmt] [options] < input > output #sort -k 1,1 -k 4,4n gencode.vM1.annotation.gtf > gencode.vM1.annotation.sort.gtf #convert2bed -i gtf < genco

bedtools、getfasta ref bedtools getfasta doc note 安装： conda install bedtools 参考文件： 需要提前下载好fasta文件 最好有fai索引文件（bedtools也会自动生成） 语法： bedtools getfasta [OPTIONS] -fi <input FASTA> -bed <BED/GFF/VCF> 如： be

目的 将有overlap 的区域进行合并，生成无overlap 的文件 本脚本仅实现中心算法部分，文件写入、写出部分，自行处理 python 实现 # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Thu Jul 14 08:18:15 2021 @author: dujidan """ bed_list = [[4,5], [8,9], [2,6], [1,2]

1. The application of the vertebral body can reduce the postoperative bed-rest.人工椎体的应用能进一步缩短患者卧床时间。 dict.cnki.net2. By the end of the study, synthesis of new muscle in the total bed-rest group had dro

题目 题目链接：https://codeforc.es/contest/1392/problem/D 思路 分两种情况 一.只有L/R n/3向上取整 二.都有 每次取连续段的L/R 每次加上连续段长度/3即可 代码 #include<cstdio> #include<cstring> #include<cmath> #include<cstdlib> #include<cctype> #incl

一个画venn图的好工具；https://intervene.readthedocs.io/en/latest/ 如果你有多个bed文件，想看overlap的venn图，这个工具可以很方便的使用；注意指定参数的过程中bedtools options f 与F的差别,以及是否要使用更严格的参数 r.

Fegla and the Bed Bugs Fegla, also known as mmaw, is coaching a lot of teams. All these teams train together in one place, unfortunately this place doesn’t have any good ventilation and is quite small

TP 题意： 有 n 个人站成环形，每个人初始有一个指的方向。 给定一个指的规律，满足才行：一个人如果被两个人或者完全没被人指，他就可以随便选一个人指，否则必须指向那个指向他的人。 思路： 首先这是一个环形，我们可以发现线性的dp转移会有后效性的问题，即转移到第 n 个人时又会影响第 1 个人。所以需要消除这种影响。 多状态设置，枚举环起点。 参考博客 C o d e : Code: Code:

决 策 之 间 相 互 影 响 , d p 比 较 好 解 决 这 类 问 题 决策之间相互影响,dp比较好解决这类问题 决策之间相互影响,dp比较好解决这类问题 但 是 1 和 n 是 特 殊 的 元 素 , 1 和 n 相 邻 , 考 虑 起 来 很 麻 烦 但是1和n是特殊的元素,1和n相邻,考虑起来很麻烦 但是1和n是特殊的元素,1和n相邻,考虑起来很麻烦 所 以 直 接 把 1 和 n

vcf和bed的位置信息区别 vcf和gff一般是从1-base开始计数，也就是文件里所代表的的位置是染色体的真实位置 bed文件一般所代表的位置是从0开始计数的，是一个半闭合区间，也就是(0,200]表示一个长度为200bp的序列，起始位置在染色体上其实是1到200的位置 pysam在处理的时候和bed是类似的，也是一个半闭合的区间，同时也是从0开始计数的。 samtools则是从1开始计数 根

fai示例： Sc0000003 2774837 10024730 60 61 Sc0000004 2768176 12845826 60 61 Sc0000005 2756750 15660150 60 61 Sc0000006 2627294 18462857

命令行如下： plink --file FILENAME --make-bed --out FILENAME 　　第一个FILENAME的后缀为.ped和.map，生成的第二个FILENAME的后缀为.bed、.bim、.fam 参考链接： https://www.biostars.org/p/203706/ 转载于:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/899

一、介绍 bed文件必有3个字段，以及9个可选字段。 必有字段 1. chrom：染色体 2. start：起始位置 3. end：终止位置 需要注意的是，bed文件是0-base坐标系统，例如以下 1    6484955    6485369 表示的区间坐标实际上是 1号染色体的 [6484956,6485369) 区间 其他可选字段目前没有接触过 二、判断是否在bed区域 比如想判断1：10

第一次写博客，分享一个做的提取基因序列的程序，根据bed文件里的位置信息从基因组里提取序列 源码地址：https://github.com/Liuyuan2018/fastaTools/blob/master/pyGetFasta.py bed文件通常用来保存注释基因信息，BED文件必须的3列: chrom - 染色体号 chromStart - feature在染色体上起始位置（其实编号为0）

Omkar is playing his favorite pixelated video game, Bed Wars! In Bed Wars, there are 푛 players arranged in a circle, so that for all 푗 such that 2≤푗≤푛, player 푗−1 is to the left of the player 푗, and p

在工作过程中，经常需要调整一些hadoop的参数配置，所以经常会遇到各种各样的问题。比如改了个配置怎么突然namenode起不来啦，加了个jar包怎么让hadoop的jvm加载啊，如何设定log目录啦等等，每次都需要仔细的查一遍启动脚本才能找到原因，费时又费力，因此专门总结了一下以便不时之需。   cloudera的hadoop的启动脚本写的异常复杂和零散，各种shell脚本分散在系统的各个角落，

题解 - P 1392 D \mathrm{P1392D} P1392D 题目描述 题目传送门 S o l \mathrm{Sol} Sol 好像大家都是找规律做法，我提供一种 dp 的做法 设 f i , j , k f_{i,j,k} fi,j,k​ 表示到第 i i i 个人攻击方向为 j ∈ [ 0 , 1 ] j∈[0,1] j∈[0,1] 当前受到 k ∈ [ 0 , 1 , 2 ]

B&B的全称就是Bed and breakfast，原指的是在欧洲的小城市或者乡村郊外民居式的小客栈，房间很少，标榜的是物廉价美，因为收费中包含了住宿和早餐，所以叫做Bed and breakfast。这种旅馆没有豪华设施，仅提供最基本的服务，主要针对的是预算有限的背包客、学生等。现在虽然有现代酒店把住宿加早餐的模式称作B&B套餐，但是这样的服务通常都是非常大众化的标准，绝对与尊贵豪华无缘，更谈不

昨晚睡觉前吃佐匹克隆片的时候，不小心掉到了地上， 于是趴在地上找了很久才找到这颗差点丢失的药片， 找到地上的药片后，心里的确有很多的开心，我总是 这样的人，节俭习惯了，对自己始终不习惯花太多的 钱。想来，自己的工资绝对不是低的，以前也曾经赚 过钱，但却始终没有给自己买过超过500元的衣服，当 然西装是排除在外的了，稍微体面点的西装，都得需 要花点费用。 始终更习惯一身简单的衣服，有些时候也在纳闷，

题意：n个人站成一圈，一个人如果只被一个人攻击，那么他只能回击攻击者，如果被两个人同时攻击，那么可以攻击任意一个，现在给你一个L,R组成的字符串，L表示向左边攻击，R表示向右边攻击，现在问你需要改变多少个人的朝向才能使得所有的人都可以满足上述要求。 如果所有人的初始方向不一样。对于一串全部都是R的字符串，两侧都是L。 当R的个数为1和2时不用改变初始方向。 当R的个数为3LRRRL时，我们需要改变