BED 文件格式
原文：http://blog.csdn.net/biubiuv/article/details/40348135
BED 文件格式
BED 文件格式提供了一种灵活的方式来定义的数据行，以用来描述注释信息，用于展示序列注释信息。
BED行有3个必须的列和9个额外可选的列。 以tab隔开。每行的数据格式要求一致。
必须包含的3列：
1. chrom - 染色体名字(e.g. chr3，chrY, chr2_random)或scafflold 的名字(e.g. scaffold0671 ).
2. chromStart - 染色体或scaffold的起始位置，染色体第一个碱基的位置是0
3. chromEnd - 染色体或scaffold的结束位置，染色体的末端位置没有包含到显示信息里面。至少为1。例如，首先得100个碱基的染色体定义为chromStart =0 .chromEnd=100, 碱基的数目是0-99
9 个额外的可选列：
4. name - 指定BED行的名字，这个名字标签会展示在基因组浏览器中的bed行的左侧。【官方名字或自定义】
5. score - 0到1000的分值，如果在注释数据的设定中将原始基线设置为１，那么这个分值会决定显示灰度水平（数字越大，灰度越高），下面的这个表格显示GenomeBrowser
| shade | |||||||||
| score in range | ≤ 166 | 167-277 | 278-388 | 389-499 | 500-611 | 612-722 | 723-833 | 834-944 | ≥ 945 |
.6. strand - 定义链的方向，''+” 或者”-”
7. thickStart - 起始位置（The starting position atwhich the feature is drawn thickly）(例如，基因起始编码位置）
8. thickEnd - 终止位置（The ending position at whichthe feature is drawn thickly）（例如：基因终止编码位置）
9. itemRGB - 是一个RGB值的形式, R, G, B (eg. 255, 0,0), 如果itemRgb设置为'On”, 这个RBG值将决定数据的显示颜色。
10. blockCount - BED行中的block数目，也就是外显子数目
11. blockSize - 用逗号分割的外显子的大小, 这个item的数目对应于BlockCount的数目
12. blockStarts - 用逗号分割的列表, 所有外显子的起始位置，数目也与blockCount数目对应.
例子：
track name=pairedReads description="Clone Paired Reads" useScore=1
chr22 1000 5000 cloneA 960 + 1000 5000 0 2 567,488, 0,3512
chr22 2000 6000 cloneB 900 - 2000 6000 0 2 433,399, 0,3601 BED文件中起始坐标为 0，结束坐标至少是 1 。
bed格式可以用在类似GBrowse这样的基因组数据可视化工具中。常用软件有bedtools。
注意：用于在GBrowse上展示相关注释的bed格式通常第一行有一个关于track的描述信息。