htslib/sam.h--操作bed文件

一、介绍

bed文件必有3个字段，以及9个可选字段。

必有字段

1. chrom：染色体

2. start：起始位置

3. end：终止位置

需要注意的是，bed文件是0-base坐标系统，例如以下

1    6484955    6485369

表示的区间坐标实际上是 1号染色体的 [6484956,6485369) 区间

其他可选字段目前没有接触过

二、判断是否在bed区域

比如想判断1：101是否在bed区域

#include <htslib/tbx.h>
#include <htslib/faidx.h>

typedef struct{
    htsFile *fp;
    tbx_t *tbx;
    hts_itr_t *itr;
    kstring_t ks;
}bed_t;

bed_t *bedGZ;

bed_t *initBed(char *bedFile)
{
    bed_t *b = (bed_t *)malloc(sizeof(bed_t));
    b->fp = hts_open(bedFile,"r");
    if(!b->fp) cerr << "cannot open bed file" << bedFile <<endl;
    b->tbx = tbx_index_load(bedFile);
    if(!b->tbx) cerr << "cannot open bed tbi file" << endl;
    b->itr = NULL;
    b->ks.s = NULL;
    b->ks.m = b->