bed文件 合并区间 python 实现

目的

将有overlap 的区域进行合并，生成无overlap 的文件
本脚本仅实现中心算法部分，文件写入、写出部分，自行处理

python 实现

# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Thu Jul  14 08:18:15 2021

@author: dujidan
"""

bed_list = [[4,5], [8,9], [2,6], [1,2]]
sort_bed_list = list(sorted(bed_list))
result_list = []

low_est = sort_bed_list[0][0]
high_est = sort_bed_list[0][1]

for i in range(1, len(sort_bed_list)):
    low, high = sort_bed_list[i]
    if high_est >= low:
        if high_est < high:
            high_est = high
    else:
        result_list.append([low_est, high_est])
        low_est, high_est = sort_bed_list[i]
result_list.append([low_est, high_est])

print(result_list)

其他实现

可以使用 bedtools merge 进行合并，方便快捷。