绘制直方图上的密度曲线

Question

我正在使用plotly为正在使用的数据集绘制直方图

test  <- data.frame(y = rgamma(1000, shape = 0.25, rate = 0.0054))
plot_ly(x = ~test$y, type = "histogram", nbinsx = "23")

这幅图很好，但我不清楚如何绘制一条平滑的密度曲线流过直方图的轮廓。

详细参考手册建议，

直方图跟踪用plot_ly或add_trace初始化：

plot_ly(df, type="histogram"[, ...])
add_trace(p, type="histogram"[, ...]) 

还有一个histornorm（枚举）：|“百分比”|“概率”|“密度”|“概率密度”）histornorm函数，我假设它允许用户绘制密度曲线，但我不确定如何使用该函数。

有兴趣了解其他人是如何处理这个问题的。任何提示或建议都非常感谢。

Answer 1

如果您比plotly更熟悉ggplot的API（就像我一样），那么最简单的一个选择是首先使用ggplot2进行绘图。

library(plotly)
library(ggplot2
test  <- data.frame(y = rgamma(1000, shape = 0.25, rate = 0.0054))

p <- ggplot(test, aes(x = y, y = ..density..)) +
   geom_histogram(fill = "steelblue", bins  = 23) +
   geom_density()

ggplotly(p)

Answer 2

虽然不理想，但这里有一种方法。

编辑：已更新y轴限制

library(plotly)

y <- rgamma(1000, shape = 0.25, rate = 0.0054)
dens <- data.frame(x = density(y)$x,
                   y = density(y)$y)

miny <- 0
maxy <- max(dens$y)

plot_ly() %>% 
  add_histogram(x = y) %>% 
  add_lines(data = dens, x = ~x, y = ~y, yaxis = "y2", 
            line = list(width = 3)) %>% 
  layout(yaxis2 = list(overlaying = "y", 
                       side = "right", 
                       range = c(miny, maxy),
                       showgrid = F, 
                       zeroline = F))