igr图中的顶点标签
我正在用igraph绘制一个非定向力网络。
我有一个包含节点和链接的数据框架，如下所示：
> links
source target value sourceID targetID
1 3 4 0.6245 1450552 1519842
2 6 8 0.5723 2607133 3051992
3 9 7 0.7150 3101536 3025831
4 0 1 0.7695 401517 425784
5 2 5 0.5535 1045501 2258363
> nodes
name group size
1 401517 1 8
2 425784 1 8
3 1045501 1 8
4 1450552 1 8
5 1519842 1 8
6 2258363 1 8
7 2607133 1 8
8 3025831 1 8
9 3051992 1 8
10 3101536 1 8
我使用igraph将其绘制如下：
gg <- graph.data.frame(links,directed=FALSE)
plot(gg, vertex.color = 'lightblue', edge.label=links$value, vertex.size=1, edge.color="darkgreen",
vertex.label.font=1, edge.label.font =1, edge.label.cex = 1,
vertex.label.cex = 2 )
在该图上，igraph使用源和目标的代理索引作为顶点标签。
我想使用真正的ID，在我的链接表中表示为源ID和目标ID。
所以，对于：
source target value sourceID targetID
1 3 4 0.6245 1450552 1519842
这将表现为：
(1450552) ----- 0.6245 ----- (1519842)
而不是：
(3) ----- 0.6245 ----- (4)
（请注意，代理索引在链接数据帧中为零索引，在节点数据帧中为一索引。此偏移量为1是绘制igraph所必需的）。
我知道我需要在节点数据帧中以某种方式匹配或映射代理索引到它们相应的名称。但是，我不知道IGRAPHE打印标签的顺序，所以我很困惑。
我怎样才能做到这一点？
我咨询了以下问题，但没有结果：
带R的igraph中的顶点标签如何指定R igraph中的顶点标签重命名顶点
共有3个答案
最简单的解决方案是重新排序链接的列，因为根据留档：
"如果顶点为NULL，则d的前两列用作符号边缘列表，其他列用作边缘属性。"
因此，您的代码将在运行后提供正确的输出：
links <- links[,c(4,5,3)]
看来我能够重新利用这个问题的答案来实现这一点。
r IGRAPHE-如何基于顶点id向顶点添加标签
关键是使用顶点。在plot（）中标记属性，并选择节点$names的切片子集。
对于我们的索引，我们可以使用igraph中自动返回的有序默认标签。要提取这些名称，可以键入V（gg）$names。
在plot（gg）中，我们可以写：
vertex.label = nodes[c(as.numeric(V(gg)$name)+1),]$name
# 1 Convert to numeric
# 2 Add 1 for offset between proxy links index and nodes index
# 3 Select subset of nodes with above as row index. Return name column
作为完整的代码：
gg <- graph.data.frame(links,directed=FALSE)
plot(gg, vertex.color = 'lightblue', edge.label=links$value, vertex.size=1, edge.color="darkgreen",
vertex.label.font=1, edge.label.font =1, edge.label.cex = 1,
vertex.label.cex = 2, vertex.label = nodes[c(as.numeric(V(gg)$name)+1),]$name)
根据上述数据，得出：
可以按如下方式指定标签：
library(igraph)
gg <- graph.data.frame(
links,directed=FALSE,
vertices = rbind(
setNames(links[,c(1,4)],c("id","label")),
setNames(links[,c(2,5)], c("id","label"))))
plot(gg, vertex.color = 'lightblue', edge.label=links$value,
vertex.size=1, edge.color="darkgreen",
vertex.label.font=1, edge.label.font =1, edge.label.cex = 1,
vertex.label.cex = 2 )
你也可以通过
merge(rbind(
setNames(links[,c(1,4)],c("id","label")),
setNames(links[,c(2,5)], c("id","label"))),
nodes,
by.x="label", by.y="name")
如果需要其他节点属性，请单击“顶点”参数。
数据：
links <- read.table(header=T, text="
source target value sourceID targetID
1 3 4 0.6245 1450552 1519842
2 6 8 0.5723 2607133 3051992
3 9 7 0.7150 3101536 3025831
4 0 1 0.7695 401517 425784
5 2 5 0.5535 1045501 2258363")
nodes <- read.table(header=T, text="
name group size
1 401517 1 8
2 425784 1 8
3 1045501 1 8
4 1450552 1 8
5 1519842 1 8
6 2258363 1 8
7 2607133 1 8
8 3025831 1 8
9 3051992 1 8
10 3101536 1 8")
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