计算原子坐标之间的距离
我有一个文本文件，如下所示
ATOM 920 CA GLN A 203 39.292 -13.354 17.416 1.00 55.76 C
ATOM 929 CA HIS A 204 38.546 -15.963 14.792 1.00 29.53 C
ATOM 939 CA ASN A 205 39.443 -17.018 11.206 1.00 54.49 C
ATOM 947 CA GLU A 206 41.454 -13.901 10.155 1.00 26.32 C
ATOM 956 CA VAL A 207 43.664 -14.041 13.279 1.00 40.65 C
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.
.
ATOM 963 CA GLU A 208 45.403 -17.443 13.188 1.00 40.25 C
我想计算两个α碳原子之间的距离，即计算第一个和第二个原子之间的距离，然后计算第二个和第三个原子之间的距离，依此类推.....两个原子之间的距离可以表示为：distance = sqrt((x1-x2)^2+(y1-y2)^2+(z1-z2)^2) .
7,8和9列分别代表x，y和z坐标。我需要打印距离和对应的残基对（第4列），如下所示（距离的值不是实数）
GLN-HIS 4.5
HIS-ASN 3.2
ASN-GLU 2.5
如何使用Perl或python进行此计算？
问题答案：
如果您的数据用空格隔开，那么简单split就可以完成这项工作。缓冲线以顺序比较它们。
use strict;
use warnings;
my @line;
while (<>) {
push @line, $_; # add line to buffer
next if @line < 2; # skip unless buffer is full
print proc(@line), "\n"; # process and print
shift @line; # remove used line
}
sub proc {
my @a = split ' ', shift; # line 1
my @b = split ' ', shift; # line 2
my $x = ($a[6]-$b[6]); # calculate the diffs
my $y = ($a[7]-$b[7]);
my $z = ($a[8]-$b[8]);
my $dist = sprintf "%.1f", # format the number
sqrt($x**2+$y**2+$z**2); # do the calculation
return "$a[3]-$b[3]\t$dist"; # return the string for printing
}
输出（带有示例数据）：
GLN-HIS 3.8
HIS-ASN 3.8
ASN-GLU 3.9
GLU-VAL 3.8
如果您的数据以制表符分隔，则可以分割/\t/而不是' '。
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我试图使用Scala类计算两点之间的距离。但它给出了一个错误说 类型不匹配；发现：其他。需要类型（具有基础类型点）：？{def x:？}请注意，隐式转换不适用，因为它们是不明确的：在[A]（x:A）类型的对象Predef中确保[A]的方法any2Ensuring和在[A]（x:A）“ArroAssoc[A]类型的对象Predef中的方法Ani2ArrowasSoc都是可能的其他转换函数。输入到？{
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