“升级”到OSX Yosemite后RStudio / R中的rJava加载错误

Question

我最近从OSX Mountain Lion升级到优胜美地，从R 3.1.3升级到3.2。升级后，当我打开R或RStudio时，立即弹出消息，提示我需要安装rJavaJava6 。此外，加载或依赖rJava的任何软件包（例如xlsx）都导致RStudio崩溃（R也崩溃了）当我通过R.app直接打开尝试此操作时）。

在尝试了在Stack Overflow和其他地方（下面有更多详细信息）中找到的一些修复程序之后，我发现加载rJava或依赖的任何程序包rJava不再导致R崩溃，但是导致以下错误：

library(rJava)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’

但是，如果我从命令行调用R，然后加载rJava或依赖于rJava它的任何程序包，则它似乎可以工作（或者至少我没有收到任何错误消息）。

我尝试了许多不同的尝试修复，其中一些尝试了几次，并且记不清我到底是按照什么顺序做了的（没有意识到这会是一件麻烦事，而且并没有真正追踪到） ，但要点如下：

• 向我添加了以下内容.bash_profile（根据此SO答案）：

export JAVA_HOME="/usr/libexec/java_home -v 1.8" export LD_LIBRARY_PATH=$JAVA_HOME/jre/lib/server

• 从命令行重新配置Java，如下所示：

sudo R CMD javareconf -n

• 检查options(“java.home”)并发现此设置为 NULL。我尝试将其设置为以下内容（针对此SO问题）：

options（“ java.home” =“ / Library / Java / JavaVirtualMachines / jdk1.8.0_45.jdk / Contents / Home / jre”）

安装了最新的Java开发工具包，并rJava从源代码重新安装（不记得我在哪里找到了那个工具包）。

在尝试所有这些方法的某个时刻，我能够加载rJava而不会崩溃R，但是却在上面显示了错误消息。另外，当我退出RStudio时，它似乎正常关闭，但随后会弹出“ RStudio意外退出”消息，表明该程序在尝试关闭时崩溃了。

最终我决定为OS X 2014-001（Java 6）安装Java，因为我似乎用光了所有的选件。现在，当我打开R或RStudio时，不再出现“此软件需要Java 6”弹出消息。但是，我仍然收到.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava'上面发布的错误消息。

在回顾我已经看过的一些文章时，我注意到了我之前错过的另一个SO答案，建议使用以下命令行代码打开RStudio，该代码为RStudio提供了通往Java的正确路径：

LD_LIBRARY_PATH=$(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server: open -a RStudio

那打开了一个RStudio窗口，我也能够加载rJava和打包依赖它的窗口而不会出现错误。

最后，我尝试从命令行运行R（我之前没有做过）。事实证明，在命令行上，加载rJava或依赖于rJava工作且不会引发任何错误的任何软件包。

因此，rJava如果我从命令行打开RStudio，并使用赋予RStudio Java路径的代码，则现在可以开始工作（如上所述）。但是，我想找到一种解决潜在问题的方法，无论它可能是什么，以便可以用Mac惯用的方式打开RStudio，而无需使用命令行。我还担心安装旧版本的Java可能会导致问题。

是否有人对如何诊断和解决此问题有任何想法？

Answer 1

我遇到了同样的问题，并且与您经历了相同的步骤。允许通过Finder / Spotlight启动RStudio的最后一步是将libjvm.dylib链接到/ usr / local / lib：

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

-f 添加了标志以强制覆盖现有文件/链接