如何将rJava加载到RStudio中？

Question

虽然我有重复问题的风险，但我还没有找到配置的解决方案。

我正在尝试将rJava加载到RStudio中。

我使用的是最新的Mac OS x，Rstudio版本只有几个月的历史，我刚刚安装了JDK x64 12.0.1 rJava的版本是0.9-11

执行时：

library(rJava)

我面临着通常的情况：

错误：“rJava”的包或命名空间加载失败：。“rJava”的loadNamespace（）中的onLoad失败，详细信息：调用：dyn。加载（文件，DLLpath=DLLpath，…）错误：无法加载共享对象“/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/Library/rJava/libs/rJava。so“：dlopen（/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/Library/rJava/libs/rJava.so，6）：未加载库：/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1。jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm。dylib引用自：/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/Library/rJava/libs/rJava。so原因：未找到图像

我已尝试将Java主路径设置为：

Sys.setenv(JAVA_HOME='/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-12.0.1.jdk/Contents/Home')

但这没什么区别。

我显然错过了rJava说明，其中列出了如何在所有计算机设置上安装软件包。我希望得到一些帮助。

编辑#1

按照下面评论中提供的链接，我成功地通过RStudio中的rJava获得了最新版本的Java JDK。“R、Java、rJava和macOS adventures”文档不完整，无法即时使用。你可能会为了让它工作而黑客入侵。

我需要rJava来运行venneuler，不幸的是，使用最新的Oracle JDK版本12时，这是行不通的：

警告：最初的Java 12版本破坏了JNI支持，无法工作。使用稳定的Java 11（或观察12u，如果可用）。错误：rJava引导过程中发生Java异常-请参阅stderr以了解Java堆栈跟踪。

我将尝试（祝我好运）在我的机器上安装两个版本的Java，并让RStudio识别正确的版本。

编辑2

Answer 1

我也有同样的问题，我可以通过搜索来解决它，但我不记得我到底做了什么，但我再次查看，我找到了这个答案，我希望它对你有用。您必须在终端中运行此命令。我不知道我是否可以发布链接，但我只是键入了“rjava lib Rstudio error”，然后我找到了两种不同的解决方案，所以如果这不起作用，您可以看看它们。

sudo R CMD javareconf

Answer 2

我的mac（OSX High Sierra v10.13.6）上也有这个问题，但按照之前的建议（重新安装JDK、R CMD javareconf或设置JAVA\u HOME）无法解决。保留了相同的错误消息：

Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found

仔细查看错误消息后，我发现我有JDK12，但R一直在寻找libjvm。JDK11文件夹下的dylib，该文件夹在我的系统中不存在。JDK11的路径出现在Sys中。get（'DYLD\u FALLBACK\u LIBRARY\u PATH'），但覆盖此变量没有帮助。戴恩也没有。加载（'PATH\u TO\u YOUR\u JDK'）。

然后，错误消息的倒数第二行引起了我的注意：libjvm的路径。dylib引用自rJava。所以为什么不看看这个文件？最后，我打开了rJava。因此，找到了JDK11路径并将其替换为JDK12路径，rJava加载得很好。希望这能帮助其他有同样问题的人。

R version 3.5.2 (2018-12-20)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.6

Matrix products: default
BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datahtml" target="_blank">sets  methods   base     

other attached packages:
[1] tabulizer_0.2.2 rJava_0.9-11   

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] tabulizerjars_1.0.1 compiler_3.5.2      assertthat_0.2.1    cli_1.1.0           tools_3.5.2         withr_2.1.2        
 [7] rstudioapi_0.10     yaml_2.2.0          crayon_1.3.4        png_0.1-7           sessioninfo_1.1.1