rStudio/r“升级”到OSX Yosemite后发生Java加载错误

Question

我最近从OSX山狮“升级”到优胜美地，从R 3.1.3升级到3.2。升级完成后，当我打开R或RStudio时，弹出一条消息，说我需要安装Java6。此外，加载rJava或任何依赖于rJava的包（例如，xlsx)导致RStudio崩溃（当我通过直接打开R.app尝试这样做时，R也崩溃）。

在尝试了堆栈溢出和其他地方找到的几个修补程序之后（更多详细信息如下），我已经到了加载rjava或任何依赖于rjava的包不再导致R崩溃的地步，而是导致以下错误：

library(rJava)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’

但是，如果我从命令行调用R，然后加载rjava或任何依赖于rjava的包，它似乎可以工作（或者至少我没有得到任何错误消息）。

我尝试了很多不同的修补程序，其中一些尝试了几次，但我不太记得我按照什么顺序做了什么（没有意识到这将是一个如此混乱的问题，也没有真正地跟踪），但这里是它的要点：

>

将以下内容添加到我的.bash_profile中（根据此SO答案）：

export java_home=“/usr/libexec/java_home-V 1.8”
export ld_library_path=$java_home/jre/lib/server

从命令行重新配置java,如下所示：

sudo R CMD javareconf-n

选中选项（“java.home”）并发现该选项被设置为空。我尝试将其设置为以下内容（根据这个SO问题）：

选项（“java.home”=“/library/java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_45.jdk/contents/home/jre”）

安装了最新的Java开发工具包，并从源代码处重新安装了rjava（不记得在哪里找到了那个）。

在尝试所有这些操作时，我能够在不使R崩溃的情况下加载rjava，但却得到了上面发布的错误消息。此外，当我退出RStudio时，它似乎会正常关闭，但随后会弹出“RStudio意外退出”消息，表明程序在尝试关闭时已经崩溃。

我最终决定安装Java for OS X 2014-001（Java 6）,因为我似乎没有选择了。现在，当我打开R或RStudio时，“This software needs Java 6”弹出消息不再出现。但是，我仍然得到了上面发布的'rjava'错误消息的.onload在loadNamespace（）中失败。

在回顾我已经看过的一些文章时，我注意到了另一个我之前没有看到的SO答案，它建议使用以下命令行代码打开RStudio，该代码为RStudio提供了到Java的正确路径：

ld_library_path=$(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server:open-一个RStudio

这打开了一个RStudio窗口，并且我还能够加载rjava和依赖于它的包而不会出现错误。

最后，我尝试从命令行运行R（我以前没有这样做过）。事实证明，在命令行上，加载rjava或任何依赖于rjava的包都可以工作，并且不会抛出任何错误。

因此，如果我从命令行打开RStudio，使用为RStudio提供java路径的代码（如上所述），现在就可以让rjava工作了。然而，我想找到一种方法来修复潜在的问题，不管它是什么，这样RStudio就可以以通常的Mac方式打开，而不需要命令行的kludge。我还担心安装旧版本的Java可能会导致以后的问题。

有没有人对如何诊断和解决这个问题有什么想法？




Answer 1

我和你有同样的问题，经历同样的步骤。允许通过Finder/Spotlight启动RStudio的最后一步是将libjvm.dylib链接到/usr/local/lib：

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

添加-f标志以强制覆盖现有文件/链接