Trinity安装与报错

提取线粒体基因组
Trinity安装与报错
（仅作为学习的记录，以下命令是小伙伴儿整理给我用的）

#寻找近缘种建立参考基因组（这里的ref要自己创建，将参考基因组下载至文件夹中）
$ hisat2-build ./ref/genome.fasta ./ref/genome 1>hisat2-build.log 2>&1
#Hisat2进行比对，使用构建好的参考基因组与转录组双末端测序数据得到sam文件（-1和-2指原始测序数据，双末端测序raw_data就会有两个数据）
$ hisat2 -t -p 4 -x ./ref/genome -1 ./ga_1seq/ga_1.R1.fq.gz -2 ./ga_1seq/ga_1.R2.fq.gz -S ga1.sam 1>ga1.log 2>&1
#文件格式转换
$ samtools sort -o ga_1.bam ga1.sam
#提取比对上的reads
$ samtools view -bF 4 ga_1.bam> ga_1.F.bam
#将比对上的bamreads转化为fasta文件
bamToFastq -i ga_1.F.bam -fq ga_1.F.fastq
#使用Trinity拼接
Trinity --seqType fq --max_memory 30G --single ga_1.F.fastq --CPU 6 1>ga1trinity.log 2>&1
#拼接过程遇到很多问题，最严重的就是“格式不标准、不识别”的问题
Error, /software/trinityrnaseq-v2.13.2/util/insilico_read_normalization.pl line 795.
因此，我对拼接命令做了更改
$ ~/software/trinityrnaseq-v2.13.2/Trinity --seqType fq --max_memory 30G --NO_SEQTK --single ga_1.F.fastq --CPU 6 1>ga1trinity.log 2>&1
#目前为止，这个命令还在运行，暂时没报错。
补充：
按"Ctrl+z"可以将正在运行的命令转入后台，输入命令"bg"，将后台暂停的命令重新运行。（因为我调整命令的时候总是报错，懒得后台运行，但是如果命令突然成功了，就要用到这个命令啦）
后台运行命令：
nohup ~/software/trinityrnaseq-v2.13.2/Trinity --seqType fq --max_memory 30G --NO_SEQTK --single ga_1.F.fastq --CPU 6 1>ga1trinity.log 2>&1 &

Trinity的安装与报错

1.官网下载安装包并解压
$ wget https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/releases/download/Trinity-v2.13.2/trinityrnaseq-v2.13.2.FULL.tar.gz
$ tar -zxvf trinityrnaseq-v2.13.2.FULL.tar.gz
$ cd trinityrnaseq-v2.13.2
$ make plugins
#编译成功后，报错说调用不了Inchworm文件夹里的程序，于是我发现Inchworm和Chrysalis要单独编译，即如下命令：
$ cd Inchworm
$ make
$ cd Chrysalis
$ make
#以上编译需要用到cmake，可到官网下载（https://cmake.org/download/），
下载Binary distributions的cmake-3.22.0-linux-x86_64.tar.gz，下载后将解压的目录名改为cmake，添加到路径即可（无需编译）
$ wget https://github.com/Kitware/CMake/releases/download/v3.22.0/cmake-3.22.0-linux-x86_64.tar.gz
$ mv cmake-3.22.0-linux-x86_64 cmake
#直接输入cd命令，会跳转到根目录
$ cd
$ vi .bashrc
#在# <<< conda initialize <<<下面添加路径，“i"进入编辑模式，输入路径后，“esc”键退出编辑模式，按”:wq"保存并退出文档
$ export PATH=~/software/cmake/bin:$PATH
#使路径强制生效（不用重启了就）
$ source .bashrc
#记得安好Trinity以后，将其添加到路径，否则运行时要带着路径运行

以上就是Trinity的安装，但是如果还是有报错，就单独安装一下salmon-1.6.0_linux_x86_64、samtools-1.14、seqtk-1.3（因为之前安装了好多遍Trinity，中间总是有报错，所以我又安装了上述三个工具）