Trinity

1. Trinity进行转录组组装 Trinity进行转录组组装的典型命令如下: $ /opt/biosoft/trinityrnaseq_r20131110/Trinity.pl --seqType fq --JM 50G\ --left sample1_1.clean.fastq sample2_1.clean.fastq\ --right sample1_2.clean.fastq sa

trinity概览 Trinity：是由Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件，由三个独立的软件模块组成：Inchworm Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。 trinity的下载与安装 trinity最新版本是v2.4.0 下载官网在：https://github.com/trinityrnaseq/tr

Trinity是由 Broad Institute开发的，用于转录本的de novo拼接，主要由三个软件模块组成：Inchworm, Chrysalis and Butterfly，能处理大型的RNA数据。 摘自https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki: Trinity partitions the sequence data into

trinity概览 Trinity：是由Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件，由三个独立的软件模块组成：Inchworm Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。 trinity的下载与安装 trinity最新版本是v2.4.0 下载官网在：https://github.com/trinityrnaseq/tr

Trinity：是由Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件，由三个独立的软件模块组成：Inchworm Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。 trinity的下载与安装 trinity最新版本是v2.4.0 下载官网在：https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnase

了解linux kernel fuzzing test - trinity 1.What is it?   Trinity, a system call fuzzing tester for the Linux kernel. Fuzzing is a security technique which feeds random arguments into functions to see wha

当使用Trinity组装时，如果数据量过大，可以考虑使用--min_kmer_cov 2参数丢弃uniquely occurring kmer, 从而降低内存消耗 设置--no_distributed_trinity_exec会在输出目录下面（trinity_out_dir）生成一个recursive_trinity.cmds文件，这里面包含了下一步运行的所有命令，这些命令是可以并行执行的时候 然

Running Trinity Trinity is run via the script: Trinity.pl found in the base installation directory. Usage info is as follows: ##########################################################################

本来说这周末调试技能相关的代码，结果今天花了大半天时间在服务器配置上。 首先推荐一下Trinity服务器搭建比较好的文章，地址：http://log4think.com/setup_wow_private_server/  这篇文章介绍了90%的内容，然而10%略过的内容却让人蛋疼。 我们随着那篇文章一点点补充，这里主要记录我在搭建这个服务器所犯得N多错~ 安装基本工具： 首先是openssl的安

1. Trinity进行转录组组装 Trinity进行转录组组装的典型命令如下: $ /opt/biosoft/trinityrnaseq_r20131110/Trinity.pl --seqType fq --JM 50G\ --left sample1_1.clean.fastq sample2_1.clean.fastq\ --right sample1_2.clean.fastq sa

trinity运行过程 1.检测所用软件及输入文件 1)检测输入文件是否正确 Left read files: $VAR1 = [           '/lustre/02.work/wanglihui/project/Populus_tremula_170417/clean_data/KD_L1_1.fq',           '/lustre/02.work/wanglihui/proje

玩单机版的时候，经常要用到world 数据库，但是对很多人来说，都不知道数据库中每个表格的作用是什么！下面我们来看看 表格名称 备注 access_requirement 副本进入的条件 achievement_criteria_data 获得某成就所需要达成的条件 achievement_dbc 储存Achievement.dbc文件丢失的数据 achievement_reward 记录获得某成

       目前组装转录本遇到的挑战：1. 转录本表达高低差异大；2. Reads覆盖转录本不均匀；3. 测序错误；4. 相邻转录本组装时导致形成奇怪的转录本；5. 由于可变剪切所以要适应相应的不同转录本；6. 重复序列。        然后介绍了基于基因组的转录本组装方法Mapping-first（依赖于read比对的准确性，且大数据量reads导致判定错误）和直接组装方法Assembly-f

Trinity安装全过程并解决部分报错 简单的安装方式： # Hompage : https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki # 安装 sudo apt-get install trinityrnaseq # 报错 # E: 无法修正错误，因为您要求某些软件包保持现状，就是它们破坏了软件 # 解决一: 安装指定版本的被依赖包 #

提取线粒体基因组 Trinity安装与报错 （仅作为学习的记录，以下命令是小伙伴儿整理给我用的） #寻找近缘种建立参考基因组（这里的ref要自己创建，将参考基因组下载至文件夹中） $ hisat2-build ./ref/genome.fasta ./ref/genome 1>hisat2-build.log 2>&1 #Hisat2进行比对，使用构建好的参考基因组与转录组双末端测序数据得到sam

不同的操作系统在各自的桌面应用上提供了不同的特性。例如，在 windows 上应用曾经打开的文件会出现在任务栏的跳转列表，在 Mac 上，应用可以把自定义菜单放在鱼眼菜单上。 本章将会说明怎样使用 Electron APIs 把你的应用和桌面环境集成到一块。 最近文档 (Windows & OS X) Windows 和 OS X 提供获取最近文档列表的便捷方式，那就是打开跳转列表或者鱼眼菜单。

不同的操作系统在各自的桌面应用上提供了不同的特性。例如，在 windows 上应用曾经打开的文件会出现在任务栏的跳转列表，在 Mac 上，应用可以把自定义菜单放在鱼眼菜单上。 本指南介绍如何使用Electron API将应用程序集成到这些桌面环境中。 通知功能 详见通知文档​ 最近文档 (Windows & macOS) 在Windows 和 macOS 中,打开跳转列表或鱼眼菜单即可轻松访问最近

登录管理器 我们选择 GDM 作为登录管理器 pacman -S gdm 安装完成后，编辑 /etc/rc.conf，在 DAEMONS字段中添加 gdm DAEMONS=(syslog-ng network netfs crond gdm) Xfce 桌面环境 如何选择桌面环境，是一个倍受争议话题。对于新手，我推荐 Xfce ，它有相对玲珑的体形和丰富的功能。 pacman -

据我所知，docker不支持在生成容器后更改端口映射的任何命令 但是这个答案说，通过更改主机配置。json文件，我可以更改端口映射。 如何将端口映射分配到现有的Docker容器？ 我在Windows WSL2中使用docker桌面。所以hostconfig.json路径与其他答案不同。 hostconfig.json? 在我的例子中，（\wsl$\docker-desite-data\mnt\ws

问题是最清楚的，< br >如何在Docker远程容器中启动完整的桌面环境(KDE，XFCE，Gnome无关紧要)。 我在互联网上挖掘，有很多关于相关主题的问题，但不一样，它们都是关于如何运行GUI应用程序，而不是完整的桌面。 我发现： 必要的运行 以某种方式运行例如 Xfce 在该帧缓冲区中 允许 x11vnc 共享正在运行的 X 环境 但是我实际上被困在这里了，总是得到一些错误: 为了达到目标

本章将会说明怎样使用 Electron APIs 把你的应用和桌面环境集成到一块。 Windows 和 OS X 提供获取最近文档列表的便捷方式，那就是打开跳转列表或者鱼眼菜单。 跳转列表： 鱼眼菜单： 为了增加一个文件到最近文件列表，你可以使用 app.addRecentDocument API: 或者你也可以使用 app.clearRecentDocuments API 来清空最近文件列表。

xfce是一个轻量级的桌面环境,可运行在多种类UNIX平台。它的口号是“让一切运行得更快”。它有自已的一套窗口管理器、文件管理器和面板管理器等组件。安装方法很简单，用以下命令安装即可： debian:~# apt-get install xfce4 相关的依赖软件包都会自动安装，我是用startx命令启动X系统的。以前我在系统中安装了KDE，所以默认是进入KDE桌面环境。现在我要把默认的桌面环

在介绍KDE和Gnome之前，我们有必要先来介绍UNIX/Linux图形环境的概念。对一个习惯Windows的用户来说，要正确理解UNIX /Linux的图形环境可能颇为困难，因为它与纯图形化Windows并没有多少共同点。Linux实际上是以UNIX为模板的，它继承了UNIX内核设计精简、高度健壮的特点，无论系统结构还是操作方式也都与UNIX无异。简单点说，你可以将Linux看成是UNIX类系统