Trinity

Trinity：是由Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件，由三个独立的软件模块组成：Inchworm Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。

trinity的下载与安装

trinity最新版本是v2.4.0 下载官网在：https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki

下载：nohup wget -c https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/archive/Trinity-v2.4.0.tar.gz 1>trinity.o 2>trinity.e &

解压：tar -zxvf Trinity-v2.4.0.tar.gz

cd Trinity-v2.4.0

编译：make

trinity的使用方法

命令：Trinity.pl --seqType fq --max_memory 100G --left reads_1.fq --right reads_2.fq --CPU 24 --output

几个重要参数介绍：

–seqType 支持输入数据格式为 fq 或者 fa

–max_memory 组装过程中，jellyfish这一步是最耗费资源的一步 所以这个内存主要由jellyfish控制

如果是双端测序：–left为read1 --right为read2 多个样品的reads由逗号隔开，不允许出现空格 但是老版本如r20131110版 reads是由空格隔开，具体看不同版本的trinity的帮助文档

如果是单端测序 参数为 --single 加上文件 多个样品的reads由逗号隔开，不允许出现空格

–CPU 软件所用线程

–SS_lib_type RF 链特异性文库需要加上这个参数

–no_run_butterfly 不进行butterfly步骤，在Chrysalis这一步完成后中断

–no_run_quantifygraph 不进行quantifygraph这一步

–output trinity的输出文件夹

–no_version_check 不汇报版本信息

注：trinity支持分步骤运行，但我认为必要性不大，因为分步运行的原因在于避免中途发生错误，但是trinity会自动检测之前输入，如果中途发生报错，进行修改之后，再次投递，会按照原输出继续跑，不会对之前结果进行覆盖