trinity的简介、下载及使用

trinity概览

Trinity：是由Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件，由三个独立的软件模块组成：Inchworm Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。

trinity的下载与安装

trinity最新版本是v2.4.0 下载官网在：https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki
下载：nohup wget -c https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/archive/Trinity-v2.4.0.tar.gz 1>trinity.o 2>trinity.e &
解压：tar -zxvf Trinity-v2.4.0.tar.gz
cd Trinity-v2.4.0
编译：make

trinity的使用方法

命令：Trinity.pl --seqType fq --JM 50G --left reads_1.fq --right reads_2.fq --CPU 6
几个重要参数介绍：
--seqType 支持输入数据格式为 fq 或者 fa
--JM 内存设置 新版本v2.4.0没有这一参数，由--max_memory代替 组装过程中，jellyfish这一步是最耗费资源的一步 所以这个内存主要由jellyfish控制
如果是双端测序：--left为read1 --right为read2 多个样品的reads由逗号隔开，不允许出现空格  但是老版本如r20131110版 reads是由空格隔开，具体看不同版本的trinity的帮助文档
如果是单端测序 参数为 --single 加上文件 多个样品的reads由逗号隔开，不允许出现空格
--CPU 软件所用线程
--SS_lib_type RF 链特异性文库需要加上这个参数
--no_run_butterfly 不进行butterfly步骤，在Chrysalis这一步完成后中断
--no_run_quantifygraph 不进行quantifygraph这一步 
--output trinity的输出文件夹
--no_version_check 不汇报版本信息

注：trinity支持分步骤运行，但我认为必要性不大，因为分步运行的原因在于避免中途发生错误，但是trinity会自动检测之前输入，如果中途发生报错，进行修改之后，再次投递，会按照原输出继续跑，不会对之前结果进行覆盖

下一个博客会写trinity的报错原因及处理方法和具体的运行步骤