VCF

1. 什么是VCF？ VCF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文本文件。在GATK软件中得到最好的支持，当然SAMtools得到的结果也是VCF格式，和GATK的VCF格式有点差别。 2. VCF的主体结构 先给出一个VCF文件的范例： ##fileformat=VCFv4.0 ##FILTER= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMA

vcf有多种意思：1、通讯录导出的一种格式；2、Visual Component Framework（可视化组件框架），是一个C++编写的开源项目；3、Victory of Continuous Four；4、入料液体积对浓缩液的体积比。 vcf有多种意思，下面给大家介绍一下。 VCF（通讯录导出的一种格式） VCF是通讯录导出的一种格式 VCF格式通讯录格式用途广泛，一般诺基亚、摩托罗拉手机导出

1. 个体相同，位点累加，相当于cat文件 vcf-concat A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz | gzip -c > out.vcf.gz vcf-concat *.vcf.gz | gzip -c > out.vcf.gz 2. 位点相同，个体累加，相当于paste文件 bcftools merge file1.vcf.gz fle2.vcf.gz file3.vcf.

声明：本文为转载文章，如有侵权，请联系，速删！ VCF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文件，下面所记录的是以GATK软件结果的VCF文件，与SAMtools的结果有点不同 VCF文件可以分为两部分看，最上面#号注释的的部分是对一些参数的解释（看英文能懂的话，下面的解释就不用看了），而下面没#号注释的部分则是各个参数对应的具体的值 一般先关注以下几列信息，从左到右为： #CHROM POS

1.plink转vcf plink --file test --make-bed --out test_1 ###此步是将map和ped文件转换为二进制的文件 plink --bfile test_1 --recode vcf-iid --out test_vcf ###这样就把plink文件转换成vcf格式了 2. 将vcf格式文件转化为plink格式文件 vcftools --vcf

安装 pip install PyVCF 使用  #如果有多个样本，可以这样访问最后两列信息，例如双样本，0为normal，1为tumor record.samples[0] 对vcf进行筛选，并重新生成vcf 切记用完一定要close() import vcf filaname1='xxx.vcf' filename2='xxx.vcf' tumor_idx=1 vcf_reader = vc

根据染色体提取vcf中的信息： bcftools view -r chr20,chr21,chr22 NA12878.vcf.gz -o NA12878.vcf.chr20_22.gz -O z 解释： 提取金标准变异NA12878.vcf.gz中20、21和22染色体的变异，保存到NA12878.vcf.chr20_22.gz文件中 -O z：表示使用压缩形式保存文件   提取之后的文件作为其它

从 gnomAD 数据库下载的 WES mutation 中包含了很多冗余信息。如果直接用于 GATK mutect2 filter Germline，将极大占用内存资源。GATK在这一步，仅需要AF信息，因此可以删除其它冗余数据。 原本的vcf 1 12237 rs1324090652 G A 81.96 AC0 AC=0;AN=0;rf_tp_probability=4.32548e-01;F

bcftools 为 vcf 文件建索引及合并 vcf 文件 1. bgzip 压缩 vcf 文件为 gz 文件 bgzip -c T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf >T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf.gz bgzip -c T9_B9_TN_20171226195650_TN_haplotype

  /**      * 获取通讯录      * @param modelMap      * @param id      * @param request      * @return      */     @RequestMapping(value = "mp_ajax_vcf.html")     public String ajaxVcf(ModelMap modelMap,@Req

问题描述 在生物信息分析过程中，常常需要修改 vcf 染色体名称，即删除染色体名中的chr字符或添加chr字符到vcf文件中。 这里使用shell脚本和bcftools两种方式实现。大致比较了一下，shell脚本在速度上稍微快一些。 1. 通过 shell 脚本实现 下面的shell脚本要求输入vcf为解压缩（因为我的数据是没有压缩的…），如果是压缩文档，自行修改一下代码即可。 通过 awk 添加

bgzip -c raw_snp_vcf > raw_snp_bgzip.gz bcftools index raw_snp_bgzip.gz bgzip -c raw_indel_vcf > raw_indel_bgzip.gz bcftools index raw_indel_bgzip.gz bcftools concat -a -D raw_snp_bgzi

记录—提取合并VCF文件 最近有个需求，需要合并两个VCF集合，两个文件中材料名完全不同，SNP名部分相同，想要合并为相同SNP下不同Sample的一个VCF文件。 整体思路是： （1）找到两个VCF文件的共有SNP （2）合并两个VCF文件（SNP相同，Sample列不同） 0. 简化GATK结果生成的VCF文件 生成的GATK的VCF文件中包含很多信息，文件特别大，想要简化一下，保留基因型信息

1：参考文献： Li H. Towards better understanding of artifacts in variant calling from high-coverage samples[J]. Bioinformatics, 2014: btu356. 2：针对GATK的call SNP有UnifiedGenotyper与HaplotypeCaller。现在基本上Haplotyp

bed格式转vcf格式 参考地址：http://rpackages.ianhowson.com/cran/bedr/man/bed2vcf.html 软件plink https://www.biostars.org/p/108499/ plink --bfile [filename prefix] --recode vcf --out [VCF prefix]

分两步说 第一步CHARSET=UTF-8,说明中文存放时编码为utf-8 先转换 C# code ? 1 byte [] byte_in = Encoding.UTF8.GetBytes( "黄仕" ); 第二步ENCODING=QUOTED-PRINTABLE,上网查一下就知道这种编码方式了 Quoted-Printable编码的基本方法是：输入数据在33-60、62-126范围内的，直接输出

流程主要参考 https://github.com/vlkofly/Fastq-to-vcf 1 java -jar $PICARD281 CreateSequenceDictionary R=${ref} O=${ref/fasta/dict} samtools faidx ${ref} bwa index ${ref} 上述三个软件安装很顺利 2 Analyse quality of fa

视觉组件 随着 UI 系统被引入，Unity 增加了一些新组件，用于帮助创建特定功能的 GUI。这节将介绍可以这些新组件的基础知识。 文本 Text 文本 Text 组件（也称为标签 Label）具有一个文本区域，用于输入将要显示的文本。可以设置字体、字体样式、字体大小，以及是否具有富文本功能。 提供了用于设置文本对齐的选项，用于水平或垂直溢出的设置（控制了文本大于矩形的宽度或高度时如何显示），和

Python 中有很多库可以用来可视化数据，比如 Pandas、Matplotlib、Seaborn 等。 Matplotlib import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np %matplotlib inline t = np.arange(0., 5., 0.2) plt.plot(t, t, "r--", t, t**2, "bs", t

问题内容： 我有一个3D-numpy数组，实际上包含大小为256x256的图像。现在，我想使用滑块一个接一个地显示这些帧。它似乎真的很慢。有更好的方法吗？ 问题答案： 尝试将更新功能重写为 这样您就不必在每次更新时都重新创建所有matplotlib对象

表格是一种组织和可视化数据的强大方式。然而，无论数据如何组织，数字的大型表格可能难以解释。 有时解释图片比数字容易得多。 在本章中，我们将开发一些数据分析的基本图形方法。 我们的数据源是互联网电影数据库（IMDB），这是一个在线数据库，包含电影，电视节目，和视频游戏等信息。Box Office Mojo 网站提供了许多 IMDB 数据摘要，我们已经采用了其中一些。 我们也使用了 The Numbe

我想使用蓝牙和电子邮件发送联系人vcf文件。我试过了，但我一直出错。请帮忙。谢谢 这是我的sendBy蓝牙方法。 这是我的emailContact方法。 请帮忙！谢谢。

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