vcf、plink文件格式互转

1.plink转vcf

plink --file test --make-bed --out test_1 

###此步是将map和ped文件转换为二进制的文件

plink --bfile test_1 --recode vcf-iid --out test_vcf  

###这样就把plink文件转换成vcf格式了

2. 将vcf格式文件转化为plink格式文件

vcftools --vcf my.vcf --plink --out plink

3. 也可使用plink进行转换

plink --vcf my.vcf --recode --allow-extra-chr --out my_reseq 

#–allow-extra-chr是当出现错误，无法读取chrom时加的，可以强制程序接受编号

4. 筛选SNPs
在file.txt中， snp名字作为一列，无header，输出格式为vcf

vcftools --gzvcf my.vcf --snps snps.txt --recode --recode-INFO-all --out filter.snp