如何在MATLAB中将延时（一系列遮罩曲面）转换为二进制矩阵？

Question

我用成像软件Imaris研究免疫细胞，该软件允许在延时实验中掩蔽细胞表面，并将每个掩蔽表面从一个时间帧链接到另一个时间帧，以便可以跟踪它们。我使用2D数据集，对于每个时间帧和每个曲面对象（单元），我需要提取几个2D参数（周长、长轴长度、面积），以便可以监视单元形状随时间的变化。不幸的是，Imaris提供了几个3D参数（检测到的粒子体积等），但没有2D参数。Imaris的构建是为了将数据导出到Matlab，我被告知应该可以使用Matlab提取这些2D参数。

因此，我的目标是将我的蒙面2D表面（作为时间序列）导出到Matlab，并提取上面提到的2D参数。

在Imaris支持团队的帮助下，我能够正确链接Matlab和Imaris，导入我的数据集，提取掩码数据，并将其转换为二进制矩阵。然而，使用提供的代码，这只能在一个时间框架内完成（总共61个）。尽管如此，我还是能够将这个时间框架（一个图像）转换为二进制矩阵，进而将二进制矩阵转换为二进制图像，从中我可以提取我需要的参数（使用区域道具函数）。

我的问题在于对整个时间序列执行此操作，这需要修改原始代码。虽然我认为我已经取得了一些进展，但我相信我被困住了。因此这个问题。

正如您在下面的代码中所看到的，我将只选择一个时间帧的“vindexT=0”修改为“for vindexT=0:vSizeT”（其中vSizeT是最大时间帧数，61），我认为这将促使Matlab对所有时间帧执行相同的操作。当我在代码从Imaris提取掩码数据之后放置“end”操作符时，我没有收到任何错误消息。我希望这意味着所有掩码数据都已正确导入（但我不知道如何验证）。然而，当我运行代码的下一部分将掩码数据（“vMask”）转换为二进制矩阵时，我得到了我粘贴在下面的错误消息。

或者，我尝试将“end”操作符放在代码之后，以将掩码转换为矩阵（而不是有两个循环，然后只有一个循环），但我收到了相同的错误消息。

这是我收到的原始代码：这一代码允许我正确处理一个时间段：

%% %Get a Copy of the Dataset
vImarisDataSet = vImarisApplication.GetDataSet.Clone;
%%
% Get Surpass Surfaces Object - Please ensure that it is selected in the
% Surpass Tree
vImarisObject = vImarisApplication.GetSurpassSelection;            

%% %Convert the Object into the correct Data Type
vImarisObject = vImarisApplication.GetFactory.ToSurfaces(vImarisObject);

%% % Get the data dimensions
vDataMin = [vImarisDataSet.GetExtendMinX, vImarisDataSet.GetExtendMinY, vImarisDataSet.GetExtendMinZ];
vDataMax = [vImarisDataSet.GetExtendMaxX, vImarisDataSet.GetExtendMaxY, vImarisDataSet.GetExtendMaxZ];
vDataSize = [vImarisDataSet.GetSizeX, vImarisDataSet.GetSizeY, vImarisDataSet.GetSizeZ];

%%
% Create a new channel where the result will be sent
vNumberOfChannels = vImarisDataSet.GetSizeC;
vImarisDataSet.SetSizeC(vNumberOfChannels + 1);
vImarisDataSet.SetChannelName(vNumberOfChannels,['Surface Mask ', char(vImarisObject.GetName)]);
vImarisDataSet.SetChannelColorRGBA(vNumberOfChannels, 255*256*256+255*256+255);
%% %Get the Size of the Time Dimension
vDataSize = [vDataSize, vImarisDataSet.GetSizeT];
%% % Here only the first time point is considered to show the principle
vIndexT = 0;

%% %extract the Mask Data from Imaris
 vMaskDataSet = vImarisObject.GetMask( ...
      vDataMin(1), vDataMin(2), vDataMin(3), ...
      vDataMax(1), vDataMax(2), vDataMax(3), ...
      vDataSize(1), vDataSize(2), vDataSize(3), vIndexT);

%% %Convert the Imaris data into an Matlab Matrix
vMask = GetDataVolume(vMaskDataSet, 0, 0);

以下是我为了导入和转换整个时间序列而尝试的：

%%
% Create a new channel where the result will be sent
vNumberOfChannels = vImarisDataSet.GetSizeC;
vImarisDataSet.SetSizeC(vNumberOfChannels + 1);
vImarisDataSet.SetChannelName(vNumberOfChannels,['Surface Mask ', char(vImarisObject.GetName)]);
vImarisDataSet.SetChannelColorRGBA(vNumberOfChannels, 255*256*256+255*256+255);
aSizeX = vImarisDataSet.GetSizeX;
aSizeY = vImarisDataSet.GetSizeY;
vSizeT = vImarisDataSet.GetSizeT;
%% %Get the Size of the Time Dimension
vDataSize = [vDataSize, vImarisDataSet.GetSizeT];

%% % Here only the first time point is considered to show the principle
vSizeT = vImarisDataSet.GetSizeT;
for vIndexT = 1:vSizeT-1
%% %extract the Mask Data from Imaris

vMaskDataSet = vImarisObject.GetMask( ...
      vDataMin(1), vDataMin(2), vDataMin(3), ...
      vDataMax(1), vDataMax(2), vDataMax(3), ...
      vDataSize(1), vDataSize(2), vDataSize(3), vIndexT);
end
%% %Convert the Imaris data into an Matlab Matrix
for vIndexT = 1:vSizeT-1
vMask = GetDataVolume(vMaskDataSet, 0, vIndexT);
end

这是我运行修改后的代码时遇到的错误：

Error using GetDataVolume (line 23)
Java exception occurred: 
Imaris.Error

    mType = "bpIllegalRangeException"

    mDescription = "Error in bpImageT<Element>::CopyFromChannel"

    mLocation = "bpIceDataSet::GetDataSubVolumeAs1DArrayBytes"

    at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance0(Native Method)

    at sun.reflect.NativeConstructorAccessorImpl.newInstance(Unknown Source)

    at sun.reflect.DelegatingConstructorAccessorImpl.newInstance(Unknown Source)

    at java.lang.reflect.Constructor.newInstance(Unknown Source)

    at java.lang.Class.newInstance(Unknown Source)

    at IceInternal.BasicStream.createUserException(BasicStream.java:2779)

    at IceInternal.BasicStream.access$300(BasicStream.java:14)

    at IceInternal.BasicStream$EncapsDecoder10.throwException(BasicStream.java:3298)

    at IceInternal.BasicStream.throwException(BasicStream.java:2291)

    at IceInternal.OutgoingAsync.throwUserException(OutgoingAsync.java:399)

    at Imaris.IDataSetPrxHelper.end_GetDataSubVolumeAs1DArrayBytes(IDataSetPrxHelper.java:4248)

    at Imaris.IDataSetPrxHelper.GetDataSubVolumeAs1DArrayBytes(IDataSetPrxHelper.java:4078)

    at Imaris.IDataSetPrxHelper.GetDataSubVolumeAs1DArrayBytes(IDataSetPrxHelper.java:4065)


Error in TestMask (line 52)
vMask = GetDataVolume(vMaskDataSet, 0, vIndexT);

如果代码运行正确，我希望它将返回一个由61个二进制图像（时间帧）组成的时间序列。然后，我将从中提取每个时间帧中每个表面的2D统计数据。

我知道你们以前听过，但我对这个很陌生，我对Matlab的知识非常有限，我认为答案可能不远，但我就是看不到。

如果你认为我只是走错了路，而且我的问题可能有更容易的解决办法，你的建议也将不胜感激！

最美好的祝福，

弗洛里安

Answer 1

您的方法是正确的。代码中的错误是您尝试访问GetMask（）返回的vMaskDataSet中不存在的时间点。

i曲面。GetMask（）方法返回一个IDataSet，该IDataSet只有一个时间点，与您选择的Vindex参数无关。

vMaskDataSet = vImarisObject.GetMask( ...  
  vDataMin(1), vDataMin(2), vDataMin(3), ...
  vDataMax(1), vDataMax(2), vDataMax(3), ...
  vDataSize(1), vDataSize(2), vDataSize(3), vIndexT);

您可以使用vMaskDataSet验证vMaskDataSet的时间点数。GetSizeT（）。

您必须调用vMask=GetDataVolume（vMaskDataSet，0，0[