在Repast Simphony中创建圆柱形空间？

Question

我试图对上皮细胞空间的内部进行建模，但我被困在圆柱形空间内部边缘的运动中。基本上，我正在尝试实现StickyBorders，并将这些边界上的代理保留在我正在创建的圆柱形空间中。

有没有办法在Repast Simphony中使用柱坐标？我找到了这个例子(https://www.researchgate.net/publication/259695792_An_Agent-Based_Model_of_Vascular_Disease_Remodeling_in_Pulmonary_Arterial_Hypertension)他们似乎做了类似的事情，但论文没有深入解释这些方法，我不认为这是repast simphony模型中的一个例子。

目前，我有一类上皮细胞，它们被设置成一个圆柱体，而其他试剂则从圆柱体内部开始。要移动，他们要选择自己最想要的位置（类似于僵尸代码），然后在原始位置的一个方格内指向该位置方向上的一个新位置。在移动到新的点之前，他们会检查该点，并确保摩尔附近至少有两个其他上皮细胞，以确保它们紧靠墙壁。

GridPoint intendedpt = new GridPoint((int)Math.rint(alongX),(int)Math.rint(alongY),(int)Math.rint(alongZ));
        GridCellNgh<EpithelialCell> nearEpithelium = new GridCellNgh<EpithelialCell>(mac_grid, intendedpt, EpithelialCell.class, 1,1,1);    
        List<GridCell<EpithelialCell>> EpiCells = nearEpithelium.getNeighborhood(false);
        int nearbyEpiCellsCount=0;
        for (GridCell<EpithelialCell> cell: EpiCells) {
            nearbyEpiCellsCount++;
        }
        if (nearbyEpiCellsCount<2) {
            System.out.println(this + " leaving epithelial wall /r");
            RunEnvironment.getInstance().pauseRun();

            //TODO: where to go if false
        }

我想知道是否有办法将空间的边界设置为圆柱体，或者检查代理的哪一侧紧靠墙，并限制其在该方向的移动。

Answer 1

我们在该模型中采用的方法是使用带有自定义边框和查询方法的三维网格空间。空间本身仍然是笛卡尔的——我们只是使用自定义显示代码将其可视化为圆柱体。对于这种应用，使用笛卡尔网格是一种合理的近似方法，因为单元尺寸明显小于血管半径，因此曲率效应被忽略。血管空间上的边界条件以角度尺寸环绕，因此细胞可以围绕血管圆周连续移动，轴向边界条件也被环绕，因为我们假设血管长度足够长，这是合理的。壁厚尺寸在基膜（y=0）和流体界面（y=壁厚）处有硬边界。

根据使用的空间类型，需要实现执行边界函数的PointTranslator或GridPointTranslator。如果你想知道具体的代码示例，我建议你直接联系作者的。

Answer 2

粘性边框代码（StickyBorders.java）本质上只是检查代理移动到的点是否超出了空间的任何维度，如果是这样，则该点被钳制到该维度。因此，例如，如果空间是3x4并且代理的移动会将其带到4,2，那么该点变为3,2并且代理被放置在那里。在这种情况下，您可以做类似的事情吗？如果没有，您可以编辑您的问题以解释为什么不，也许这将帮助我们更好地理解。