我有一堆荧光标记的细胞。
样本有一个人工制品,在细胞内引起非常明亮的区域,这些区域不是基于我感兴趣的信号。
由于这些人工制品的强度(亮度)远高于我感兴趣的信号强度,我想简单地将高于我将选择的某个任意值的所有像素归零。
所以我想要一个宏,它在逻辑上执行如下操作:
对于每个切片:
对于每个像素:
if pixel intensity>150 then set pixel=0
我用imageJ宏语言编码。我想避免在这个部分中使用ROI,因为我已经有了表示每个单元格的ROI,并且在脚本中循环使用它们。
我认为这应该很简单,但是现在我尝试的解决方案非常麻烦;通过阈值,分析粒子,生成投资回报率,选择每个投资回报率,并从每个投资回报率中减去值(例如150)。
知道怎么用简单的方法完成吗?
使用选择和阈值解决问题:
HotPix=150; Stack.get统计(voxelCount,均值, min, StackMax, stdDev); setThreshold(HotPix, StackMax);//你的阈值在这里为(i=1; i
该演讲来自imageJ论坛上的@antonis:https://forum.image.sc/t/how-to-delete-all-pixels-or-set-to-zero-in-a-roi-which-are-above-a-certain-value/51173/5
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