Markdown + R
来源：Markdown写作浅谈
科技写作与Markdown+R
科技写作会碰到什么难题？
如果你是纯文科生，写的都是豆瓣小酸文或者诗歌之类的，那么，看完上面这一部分就可以打住了。如果你还有写科技论文的需要，则继续往下看。
科技写作与文艺写作的不同主要有：
- 公式与图表：相信各位写过科学论文的，都会为数学公式与各类图表的输出头疼不已；
- 格式转换：pdf是通用的，但是有时偏偏需要LaTeX原始格式或者Word原始格式；
- 参考文献：投稿给不同刊物，往往参考文献要根据对方的格式来调整。
解决这些难题，LaTeX是国际科学界，尤其是偏数理类的学科的主流方案之一。当然，因为中国盗版office的流行，导致国内科技论文Word更盛行，则是另一码事。Word因为近些年在参考文献协作软件、数学公式方面的发力，也逐步成为科技界认同的论文投递标准之一。
提到LaTeX的人们，常常有两种口气。一种是当做大神来敬仰的，当语言、软件变为传奇，路人皆知它的诞生历史时，于是，众多如你我这类文科生，只有抬头仰望的份了。另一类，则是不屑的口气，LaTeX那么好学，你怎么都学不会！国际期刊都是用这个写的，你别混了。。。
于是，我等文科生只好在被鄙视的眼光之下，快快走过LaTeX。。。但是，LaTeX真的符合人们写作习惯吗？请记住当时的历史。那时的计算机，所见即所得，并不像今天这么流行。那时的计算机，处理能力也不像今天这么强大。更别提什么脚本语言了。翻出上一份LaTeX文档所用的APA模版，大家就知道它有多么坑爹了。。。
使用Lyx，好看多了。问题是，它有坑吗？你跳过吗？
Markdown+R如何解决的？
每位试图解决LaTeX的不便，又试图保留它的优点的人们，都走上了一条不归路。
直到有一天，极其熟悉LaTeX，也熟悉Markdown的yihui同学，意识到了，LaTeX它可以作为最终格式生成。但是，我们中间的写作过程，完全可以用Markdown这么简单明了的语法来写，我们真正需要的，就是一堆数学公式、图表与参考文献而已。前2者，恰恰是R的强项。后者，则留给开源社区，下一步解决。（可参考线索1、线索2、线索 3 )
于是，在他的新作R包knitr中，果断提供了Markdown支持。并说服R社区主流编辑器厂家，开源软件RStudio 提供 Markdown支持，从而使得Rmd这种新格式开始流行。我们有幸看到这个重要格式的诞生，国人的贡献如此重要。
Rmd 简介
Rmd 格式更详细的描述，读 yihui 的文档：自动化报告
在这里，让我简单说明，如何最快上手Rmd格式。
安装并配置RStudio
下载 RStudio 之后，打开配置选项，如下图所示：
然后，进行如下配置：
新建Rmd文档
新建一个Rmd文档，如下图所示：
然后，默认会出来一些内容。如果你对Markdown语法有不熟悉的地方，点击MD按钮。写完之后，直接点击： Knit HTML 按钮即可发布。MD按钮与Knit Html按钮的位置如下图所示：
就会预览成功。你也可以点击保存，生成相应的图片、Markdown文档。
是的，你要的一切图片都有了！这就是 yihui 所推崇的 文学性编程、可重复研究概念的神奇。
更重要的是，还保留了对LaTeX的无缝兼容。比如，大家可以敲下这段文字：
其中，这一段，
$$latex
f(x;mu,sigma^2) = frac{1}{sigmasqrt{2pi}} e^{ -frac{1}{2}left(frac{x-mu}{sigma}right)^2 }
$$
就是直接生成LaTeX格式的数学公式！
没有安装RStudio，或者不熟悉R的朋友，可以在我搭建的一个在线演示APP里面，将上述代码，粘贴上去，然后看看神奇的效果！
网址是：R Markdown App 效果如下图所示：
这么做，有什么好处呢？
让我细数一下：
真正意义上的可重复性研究
发表论文或者审核同事的报告，有个最麻烦的事情，你不知道他的步骤或者计算是否有误。现在，代码嵌在报告正文中，或者附录在报告末尾。而你，要做的，仅仅是一键生成。。。 这就是真正意义上的可重复性研究！
更强大的数学与制图能力
既兼容了LaTeX的既有能力，同时，又广泛借助于R自身强大的作图与统计学习能力。
更重要的是，未来，并不是非要用R语言作图。yihui 同学在前文中的描述已经极其清楚了。
当然，还有云计算
真正意义上的云计算，尤其是类似于我们这样，中小企业、小型实验室实战使用的小型云计算，不同于各类忽悠的云计算。Markdown+R这种方式是最佳方式之一。上述例子中提到的那个APP，就是搭建在云中。同时提供各类REST接口，可以被Ruby程序调用。
Markdown格式与LaTeX、Word等格式的互转
点这里：Pandoc
还有不少有趣的玩法，如Building a beamer presentation with knitr.
如何学习Markdown+R？
好了，回到大家最关心的部分。分成两部分，先是如何学习Markdown，其次是如何学习R。
Markdown格式说明
Markdown编辑器
- Mac等平台下推荐Mou
- Windows平台推荐MarkdownPad RStudio可作为写作科技论文与R语言编辑器选择，它是跨平台的
- markdown-here借助Chrome插件，将gmai写作窗口变为Markdown在线写作窗口
- 可以直接在线通过github撰写与提交Markdown文件，github有自动的版本跟踪功能，不用担心写废与找不到以前写的
Windows下的GitHub特别说明
- 如果碰到git、github等与windows不兼容的现象，不建议折腾，而是直接在线提交即可。
- GitHub最近发行了Windows版本，下载地址在这里
- 我的老文：如何高效利用github
如何学习R
Rstudio
- Getting_Started_with_RStudio.pdf
R语言入门读物
- R for SAS and SPSS Users.pdf ： 适合有SPSS基础的朋友
- Analysis of Questionnaire Data with R ： 适合处理问卷数据的文科生或社会科学类
- 更多参考我的豆列：技术派心理学
示范
文艺青年
文艺青年看这里，
科学青年
可以看这里：如何学习科学：开放科学工具箱
点击 RAW 即可看到原始格式。这是一个长文档的示范。另一个示范是作者写的一个在线DEMO：
技术青年
- knitr以及各类Google、维基百科。
- 特别是：pandoc-markdown
- Primarily Pandoc: Writing in Markdown instead of LaTeX