matlab将raw转为tiff,使用Matlab将tiff转换为dicom(Convert tiff to dicom using Matlab)
使用Matlab将tiff转换为dicom(Convert tiff to dicom using Matlab)
我有一系列的dicom图像并且使用MATLAB脚本更改了图像中的MATLAB ，然后我将它们导入ImageJ进行显示。 然后我意识到我可以使用ImageJ gui修改图像(更简单，只需移动鼠标)。 但是，当我在ImageJ保存修改后的图像时，它们以tiff格式保存。 我的问题是，有没有办法将imageJ中的图像保存为dicom格式？ 或者是否可以使用MATLAB将tiff格式转换为dicom？
有什么建议吗？
I have a series of dicom images and did change the HUs in the images using MATLAB scripts, then I imported them in ImageJ for display. Then I realised I can modify the images using ImageJ gui (which much easier, just moving the mouse). However, when I saved the modified images in ImageJ, they were saved in tiff format. My question is that, is there a way to save images in imageJ as dicom format ? or is there away to convert tiff format to dicom using MATLAB ?
Any suggestion ?
原文：https://stackoverflow.com/questions/30338697
更新时间：2019-11-13 14:11
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如果您正在处理单色图像，则可以如下设置最小像素值与最大像素值之间的线性缩放比例： img = dicomread('filename');
imshow(img, [minAllowedPixValue maxAllowedPixValue]);
或者，您可以在全动态范围内显示图像： imshow(img, []);
If you are dealing with monochrome images, you can set a linear scaling between a minimum
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好，所以它们嵌套在可能是供应商特定的结构条目中。 当在Matlab中加载时，嵌套的名称是inf.PerFrameFunctionalGroupsSequence.Item_X。 ，然后framenumber，然后更多的嵌套，这是更直接/自我解释，所以我不需要在这里添加它。 但是在那里搜索你需要的条目。 切片间距称为SpacingBetweenSlices (或单切片情况下的切片厚度)，像素间距称为PixelSpacing ，然后是用于翻译的ImagePositionPatient和用于旋转的Ima
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您可以使用FEX vol3d-v2中的以下文件。 you can use the following file from the FEX vol3d-v2.
如果你想添加均匀分布的随机整数，你应该去randi 所以例如这段代码： img(1:410,1:410)= img(1:410,1:410) +randi([3000 3100],410,410);
将现有图像伪随机均匀分布的整数从3000添加到3100。 If you want to add random integers uniformly distributed, you should go for randi so for example this code: img(1:410,1:4
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您的问题的解决方案是只读取相关的tiff页面(即奇数页面)并将它们保存在单独的文件中。 这可以按如下方式完成： %defines path to input and output files
inputFileName = '';
outFileName = 'out.tiff';
%reads tiff file info
tiffData= imfinfo(inputFileName);
%reads every odd page and append i
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自编写代码示例以来，调用montage函数的语法已经改变(早在2002年！)。 如文件交换提交的注释部分中所示， 样本DICOM数据文件的新正确语法如下： montage(X, 'DisplayRange', []);
因为新语法解释了montage(X, []);所以你得到了这个错误montage(X, []); 好像X是一个索引的彩色图像(根据错误不允许是带符号的int16类型)，带有空的颜色图[] 。 The syntax for calling the montage function
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如果你的矩阵是M，并且有d维(3，或者你有什么)，并且你想要绘制其中一个维度的1-D“切片”，那么： plot(squeeze(M(n1,n2, ...,:,...));
其中n1，n2，...是要切片的维度x，y，...的位置，运算符(:)是要绘制的维度。 例如，给定5维矩阵M = rand(10,10,10,10,10)，让我们围绕某些点切割第4维(x = n1，y = n2等......) M=rand(10,10,10,10,10);
n1=4; n2=7; n3=3;
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我已经通过创建GUI(R2012b)并在按钮回调中插入代码来测试代码，并且它工作正常。 所以我可以看到两种可能性： - 您加载的dcom图像以某种方式被损坏 - dcom图像良好，并且是contrast概率 我会去寻求第二种可能性。 作为示例，我使用了从DICOM样本图像集下载的dcom图像“CARDIX”。 当这些图像中的一个被加载时，它看起来是黑色的，轴的clim是[0 65535 ]。 如果分别将clim范围设置为dcom图像数据值的minimum和maximum ，则可以开始“看见某些东西
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您可以使用dicomwrite将tiff格式转换为dicom： dicomwrite( imread('input_image.tif'), 'output_image.dcm')
You can convert tiff format to dicom with dicomwrite: dicomwrite( imread('input_image.tif'), 'output_image.dcm')