填充R中距离矩阵中缺少的行/列

Question

我有两个距离矩阵..但是它们中的任何一个都可能缺少项目，并且它们可能处于无序状态--例如：

矩阵#1（缺少c项）

  a b d 
a 0 2 3 
b 2 0 4 
d 3 4 0 

  d c a
d 0 1 2 
c 1 0 1 
a 2 1 0 

  a b c d
a 0 2 1 1
b 2 0 0 4
c 1 0 0 1
d 1 4 1 0

Answer 1

我们创建一个名称索引('un1')，它是第一个('m1')和第二个('m2')矩阵名称的联合。两个新的0矩阵('M1N'、'M2N')是通过基于'UN1'指定维度和dim名称来创建的。通过行/列索引，我们将这些矩阵中的0值更改为'm1'、'm2'中的值，减去并得到绝对值。

Un1 <- sort(union(colnames(m1), colnames(m2)))
m1N <- matrix(0, ncol=length(Un1), nrow=length(Un1), dimnames=list(Un1, Un1))
m2N <- m1N
m1N[rownames(m1), colnames(m1)] <- m1
m2N[rownames(m2), colnames(m2)] <- m2
abs(m1N-m2N)
#  a b c d
#a 0 2 1 1
#b 2 0 0 4
#c 1 0 0 1
#d 1 4 1 0

如果我们有几个对象名m后面跟着数字的矩阵，我们可以将它们放在列表中。我们使用ls获取对象名称，并使用mget获取列表中的值。使用lapply循环列表以获取列名，在reduce中使用unione作为f和sort以获取unique元素。

lst <- mget(ls(pattern='m\\d+')) #change the pattern accordingly
Un1 <- sort(Reduce(union, lapply(lst, colnames)))

我们可以用矩阵创建另一个列表。

lst1 <- lapply(seq_along(lst), function(i) 
    matrix(0, ncol=length(Un1), nrow=length(Un1), dimnames=list(Un1, Un1)))

我们可以使用map使用“lst”对应矩阵的行/列索引来更改“lst1”的对应元素。

lst2 <- Map(function(x,y) {x[rownames(y), colnames(y)] <- y; x}, lst1, lst)

如果我们需要成对的差异，combn可能是一个选项

lst3 <- combn(seq_along(lst2),2, FUN=function(x) 
                      list(abs(lst2[[x[1]]]-lst2[[x[2]]])))
names(lst3) <- combn(seq_along(lst2), 2, FUN=paste, collapse='_')