如何在GitHub上保存代码文件并在Jupyter笔记本上运行？

Question

使用GitHub，我们可以在线存储代码，而使用Jupyter笔记本，我们只能执行Python代码的一部分。我想一起使用它们。我可以用电脑上储存的Jupyter笔记本编辑代码。但是，我无法找到运行存储在GitHub上的代码的方法。那么，你知道怎么做吗。

以下是一些例子：https://github.com/biolab/ipynb/blob/master/2015-bi/lcs.ipynb https://github.com/julienr/ipynb_playground/blob/master/misc_ml/curse_dimensionality.ipynb https://github.com/rvuduc/cse6040-ipynbs/blob/master/01--intro-py.ipynb

Answer 1

Github是一个版本和源代码控制的工具，你需要把代码复制到本地环境。

这里有一个初学者教程

一旦你建立了一个github帐户并定义了你的本地和远程存储库，你就可以用git check out检索代码了。进一步的解释在教程中

Answer 2

IPython Magic命令%load，如此处技巧8所述，将用外部脚本替换Jupyter笔记本单元的内容。

源可以是计算机上的文件或URL
Github或Gist托管脚本的诀窍是将其指向原始代码的URL。您可以通过在GitHub或gist上浏览脚本来获取原始代码的URL。github。com，然后在代码上方的工具栏中按Raw。将您从地址栏中提取的内容放在%load之后，以获得以下内容：

%load https://raw.githubusercontent.com/dib-lab/khmer/master/scripts/fastq-to-fasta.py

这将在Jupyter笔记本单元中执行时将代码拉入笔记本的名称空间
更多关于通过GitHub或Gists在此处和此处使用原始代码的信息。更多关于其他魔法命令的信息可以在这里找到。

类似地，如果您想将脚本作为文件引入，您可以使用%run（或从命令行等效）在笔记本中调用，在笔记本单元格中使用curl，脚本将被添加到当前目录。

!curl -O https://raw.githubusercontent.com/dib-lab/khmer/master/scripts/fastq-to-fasta.py

然后在Jupyter笔记本中运行脚本，并在单元格中显示以下内容：

%run fastq-to-fasta.py

在脚本名称后提供任何必要的参数。通常，您可以运行%run

或者，如果您希望其他人能够轻松运行该笔记本
查看我的活页夹。在这篇《自然》的文章中强调了org。更多关于这项服务的信息可以在这里、这里和这里找到。

在MyBinder.org页面，您可以将服务指向任何Github存储库。不过，需要注意的是，除非它在笔记本中是相当普通的蟒蛇，否则你会遇到依赖问题。你可以按照这里和这里的指导来设置它来解决这个问题。
这是在我分叉了一个最初没有设置为使用Binder系统的可启动回购之后进行的。另一个例子，这个R代码，基于twitter交换上共享的要点，可以在这里看到。

使用它，您可以获得一个Launch Binder徽章，您可以将其添加到存储库中并随时启动它。请参阅可以在此处启动的示例。