使用igraph绘制网络时的巨大箭头头

Question

编辑我试图找出我的代码有什么问题，我开始绘制简单的图形，看看箭头在较小的图形上会是什么样子。我听到以下命令：

 g2 <- graph( edges=c(1,2, 2,3, 3, 1), n=10 ) 
 plot(g2)   

 [1] "base"         "boot"         "class"        "cluster"     
 [5] "codetools"    "colorspace"   "compiler"     "datasets"    
 [9] "dichromat"    "digest"       "doParallel"   "foreach"     
[13] "foreign"      "graphics"     "grDevices"    "grid"        
[17] "gridBase"     "gtable"       "igraph"       "irlba"       
[21] "iterators"    "KernSmooth"   "labeling"     "lattice"     
[25] "lazyeval"     "magrittr"     "MASS"         "Matrix"      
[29] "methods"      "mgcv"         "munsell"      "nlme"        
[33] "NMF"          "nnet"         "parallel"     "pkgmaker"    
[37] "plyr"         "RColorBrewer" "Rcpp"         "registry"    
[41] "reshape2"     "rngtools"     "rpart"        "scales"      
[45] "spatial"      "splines"      "stats"        "stats4"      
[49] "stringi"      "stringr"      "survival"     "tcltk"       
[53] "tibble"       "tools"        "utils"        "xtable"    

我试图生成一个网络的情节，出于某种原因，我的箭头看起来像小矩形，而不是通常的三角形箭头。

以下是我用于绘图的代码：

toy.edges <- na.omit(read.csv("Data/Edge_list-toy.csv", header = TRUE, colClasses = "numeric", na.strings = c("NA", "", "#N/A")))
toy.nodes <- na.omit(read.csv("Data/NodesDataF-toy.csv", header = TRUE, na.strings = c("NA", "", "#N/A")))
toy.graph <- graph_from_data_frame(toy.edges, directed = TRUE, vertices = toy.nodes)

V(toy.graph)$color <- "magenta" 
V(toy.graph)$shape <- "sphere"
V(toy.graph)$size <- 3*15^(ifelse(is.na(V(toy.graph)$node.size), 0.001, 
V(toy.graph)$node.size))
plot(toy.graph, layout = layout.fruchterman.reingold(toy.graph),
     vertex.label=NA, edge.width=E(toy.graph)$weight, 
     edge.arrow.size=0.005, edge.arrow.width=0.0000001)

下面是一个示例图：

当我为edge取稍大的值时，情况看起来更糟。箭尺寸和边缘。箭宽度。

我的代码有什么问题？这可能与R的版本有关吗？我以前用非常类似的命令绘制了很多图，我从来没有遇到过问题。

这里是带有节点信息和边缘列表的文件。

Answer 1

参数“边”。箭尺寸可能有助于减小箭头的尺寸。通过此链接，可以获得更多有关绘图功能文档的信息。基本上，我们可以通过在参数前面添加顶点/边来使用所有列出的参数。

plot(g2, edge.arrow.size = 0.1)

Answer 2

在这里，使用plot.igraph（）而不是简单的图（）可能会有所帮助。

Answer 3

所以问题似乎是R如何在我的电脑上显示图形。当我把它保存到一个文件中，而不是直接在控制台中绘制图形时，一切看起来都很好。以下是我使用的代码，以防其他人面临类似的问题：

png("my-plot.png", width=1200, height=1200)
par(mar=c(0,0,0,0))
plot(mat_gr, layout = layout.auto(mat_gr), vertex.label=NA,   
     edge.width=E(mat_gr)$weight)
dev.off()

我意识到它并不能解决显示巨大箭头的问题，但至少它允许生成保存可用的图形。