尺寸坐标具有填充值，因此，值是重复的

Question

我从一位同事那里收到了一些数据文件（NetCDF），我正在尝试将这些文件连接到一个文件中，以便能够使用以前的一些脚本运行它。问题是，我收到的NetCDF文件具有尺寸“高度”，填充值为1e20。当我尝试对文件执行几乎任何xarray操作时，这都会导致错误，因为维度坐标中存在重复值。

以下是其中一个文件的信息（您可以在“高度”坐标的最终值中看到重复值）：

<xarray.Dataset> Dimensions:  (height: 1061) 
Coordinates:   * height   (height) float64 0.0 10.0 20.0 30.0 ... 1e+20 1e+20 1e+20 1e+20 
Data variables:
            pres     (height) float32 ...
            tdry     (height) float32 ...
            rh       (height) float32 ...
            u_wind   (height) float32 ...
            v_wind   (height) float32 ...
            mr       (height) float32 ...
            theta    (height) float32 ...
            theta_e  (height) float32 ...
            theta_v  (height) float32 ...
            lat      (height) float32 ...
            lon      (height) float32 ...
            alt      (height) float32 ...
            wdir     (height) float32 ...

我认为重新索引到没有填充值的新索引可能会有所帮助，但我也无法这样做，因为错误再次弹出：

ValueError: cannot reindex or align along dimension 'height' because the index has duplicate values

如果有人能在这里帮助我，那将是一个极大的帮助！我已经为此挣扎了一段时间，但也许解决办法很简单，而且我的初学者身份在这里并没有真正的帮助/

Answer 1

按照本文的建议删除重复条目怎么样？

.isel方法应该可以工作，即使坐标有重复的条目。下面的脚本可能会起作用

_, index = np.unique(ds['time'], return_index=True)
ds.isel(time=index)

Answer 2

这不是python解决方案，但我想知道CDO或NCO是否不能帮助您更容易/更快地解决这个问题？

如果文件用于不同的时间，您可以尝试

cdo mergetime input_t*.nc output.nc 

（*名称的通配符）

更一般地说，您可以尝试使用以下文件来跟踪文件：

cdo cat input_t*.nc output.nc 

我不确定cdo将如何处理丢失的高度坐标

您还可以使用

ncks -A appended_file.nc target_file.nc 

我不确定这些解决方案中哪一个（如果有的话）会起作用，但我希望其中一个能有所帮助。