安装Biopython:ImportError:没有名为Bio的模块
正在尝试在Fedora21、Python 2.7上安装Biopython。我做了以下几件事
[mike@localhost Downloads](17:32)$ sudo pip2.7 install biopython
You are using pip version 6.1.1, however version 7.1.0 is available.
You should consider upgrading via the 'pip install --upgrade pip' command.
Collecting biopython
/usr/lib/python2.7/site-packages/pip/_vendor/requests/packages/urllib3/util/ssl_.py:79: InsecurePlatformWarning: A true SSLContext object is not available. This prevents urllib3 from configuring SSL appropriately and may cause certain SSL connections to fail. For more information, see https://urllib3.readthedocs.org/en/latest/security.html#insecureplatformwarning.
InsecurePlatformWarning
Downloading biopython-1.65.tar.gz (12.6MB)
100% |████████████████████████████████| 12.6MB 33kB/s
Installing collected packages: biopython
Running setup.py install for biopython
Successfully installed biopython-1.65
然后
[mike@localhost Downloads](17:32)$ ipython
Python 2.7.9 |Anaconda 2.2.0 (64-bit)| (default, Mar 9 2015, 16:20:48)
In [1]: import Bio
---------------------------------------------------------------------------
ImportError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-a7440e1156be> in <module>()
----> 1 import Bio
ImportError: No module named Bio
我做错了什么？
编辑
我尝试安装biopython使用
sudo easy_install -f http://biopython.org/DIST/ biopython
并将其安装到/usr/lib/python2.7/site packages/biopython-1.65-py2.7-linux-x86_64.egg/中。没用。
然后我尝试使用相同的命令安装它，但没有使用sudo：
easy_install -f http://biopython.org/DIST/ biopython
安装到 /home/mike/anaconda/lib/python2.7/site-packages/biopython-1.65-py2.7-linux-x86_64.egg
这奏效了！无论是ipython和python。但是为什么它起作用了...？
共有2个答案
sudopip不是一个好的做法，因为它可能在root权限下安装东西，而root权限通常不授予普通程序。
问题可能在于库路径。最有用的工具将是
import sys
print (sys.path)
和
which python
pip --version
并使用pip安装biopython--user替换sudo-pip
在使用pip之类的工具时应该非常小心，因为它是与假定的Python解释器一起使用的pip。
我看到您正试图通过键入ipython从Python解释器导入Bio。您可以确保调用这个解释器的pip，就像这样：
sudo ipython -m pip install biopython
请注意，此安装不是ipython独有的。但是，它是安装在ipython之上的任何Python安装的专用工具。
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