Rust-Bio 是一个使用 Rust 实现的生物信息学工具库。Rust-Bio 包括大量的算法和数据结构,对生物信息学非常有帮助。Rust-Bio 通过持续集成进行测试,值得信赖。
当前 Rust-Bio 提供:
大部分主要模式匹配算法
一个方便的字母表实现
两两配对
后缀数组
BWT 和 FM-Index
q-gram 索引
rank/select 数据结构
示例:
// Import some modules use bio::alphabets; use bio::data_structures::suffix_array::suffix_array; use bio::data_structures::bwt::bwt; use bio::data_structures::fmindex::FMIndex; use bio::io::fastq; // Create an FM-Index for a given text. let alphabet = alphabets::dna::iupac_alphabet(); let pos = suffix_array(text); let bwt = bwt(text, &pos); let fmindex = FMIndex::new(&bwt, 3, &alphabet); // Iterate over a FASTQ file, use the alphabet to validate read // sequences and search for exact matches in the FM-Index. let reader = fastq::Reader::from_file("reads.fastq"); for record in reader.records() { let seq = record.seq(); if alphabet.is_word(seq) { let interval = fmindex.backward_search(seq.iter()); let positions = interval.occ(&pos); } }
文件(file)类型BIO ---根据openssl doc/crypto/bio/bio_s_file.pod翻译和自己的理解写成 (作者:DragonKing Mail:wzhah@263.net 发布于:http://gdwzh.126.com之openssl专业论坛) 前面我们已经介绍了很多BIO的基本构造和操作,现在,我们开始针对每一
11.2 生物信息学 计算生物学(computational biology)研究如何用计算机来解决生物学问题,主要研究内 容包括对生物系统的数学建模、对生物数据的分析、模拟等。本节介绍计算生物学的一个分 支——生物信息学①。 生物信息学(bioinformatics)主要研究生物信息的存储、获取和分析,这里所说的生物 信息主要是指基因组信息。近年来,通过庞大的项目合作,生物学家对人类基因组和其他
系统功能设计 代码实现 #include<stdio.h> #include<stdlib.h> #include<conio.h> #include<dos.h> #include<string.h> #define LEN sizeof(struct student) #define FORMAT "%-8d%-15s%-12.1lf%-12.1lf%-12.1lf%-12.1lf\n" #d
本文向大家介绍python学生信息管理系统,包括了python学生信息管理系统的使用技巧和注意事项,需要的朋友参考一下 本文实例为大家分享了python学生信息管理系统的具体代码,供大家参考,具体内容如下 更多学习资料请关注专题《管理系统开发》。 以上就是本文的全部内容,希望对大家的学习有所帮助,也希望大家多多支持呐喊教程。
# pyclbr_example.py """Example source for pyclbr. """ class Base: """This is the base class. """ def method1(self): return class Sub1(Base): """This is the first subclass.
物流信息查询 在订单的已发货和已收货状态中,可查看物流信息。
本文向大家介绍python3.6实现学生信息管理系统,包括了python3.6实现学生信息管理系统的使用技巧和注意事项,需要的朋友参考一下 简单版本学生信息管理系统,用python基础语法实现,基于python 3.6 容错率很高的代码,做了很多异常处理功能,出错也不会丢失信息 启动时自动从文件中读取已有学生信息,退出时自动保存 程序分3个模块: Menu:进行菜单管理 Student_manag