用Java进化生物学库（JEBL）分析数据注释树节点

Question

我使用JEBL和跌跌撞撞的API，因为我找不到非常清晰的留档或示例。

我想做的是在一棵树上阅读，树上的树枝标注了长度，节点也标注了长度。然后，我应该能够获取树叶并向上遍历树，同时检查节点的注释（使用JEBL遍历很容易，我的问题实际上是注释）。

它们是系统发育树，其中每个节点都是一个物种，注释将标记特定节点上是否存在某些基因，并且可能有足够少的基因，一个字符串就足够了（例如，如果有三个基因a、B和C，可能的节点注释可能是“AB”、“AC”或“），这必须是非唯一的（因为两个节点可能有相同的基因集）。

目前，我正在以Newick格式读取这些树——我可以读取这些树，并具有分支长度和遍历树，但我不知道如何以有用的方式标记这些节点（它们必须能够以读取它们的格式进行注释，而不是在读取之后以编程方式进行注释）：

import java.io.IOException;
import java.io.StringReader;
import java.util.Set;
import jebl.evolution.trees.SimpleRootedTree;
import jebl.evolution.graphs.Node;
import jebl.evolution.io.ImportException;
import jebl.evolution.io.NewickImporter;
import jebl.gui.trees.treeviewer.TreeViewer;
import jebl.evolution.trees.Tree;

public class TreeLoader {  
    public static void main(String[] args) {
        String newick = "(A:0.1,B:0.2,(C:0.3,D:0.4)E:0.5)F;";
        StringReader sr = new StringReader(newick);
        NewickImporter ni = new NewickImporter(sr, true);
        try {
            SimpleRootedTree srt = (SimpleRootedTree) ni.importNextTree();
            Set<Node> leaves = srt.getExternalNodes();
        } catch (IOException e) {
            // TODO Auto-generated catch block
            e.printStackTrace();
        } catch (ImportException e) {
            // TODO Auto-generated catch block
            e.printStackTrace();
        }           
    }   
    }

我看不出有什么方法可以在Newick表示中包含节点注释来正确读取。（我不能使用节点名称（上面例子中的A、B等），因为它们必须是唯一的）。我一直在看Nexus格式，但并不太了解它。我下载了树状图，试图创建适当的Nexus文件，但我不太明白如何按照我的要求进行注释。之后，我不确定JEBL是否会以有用的方式读取它们。我认为前进的方向是利用JEBL的属性功能（因为节点实现了这一点），但我不确定它将如何工作。

关于如何设置我的Nexus文件和/或如何让JEBL正确读取它们以及如何访问注释的任何建议都将非常感激！！

Answer 1

可能有点离题，但您是否考虑过使用ETE工具包：

除了搜索和遍历等一系列功能外，它还可以进行节点注释：

http://etetoolkit.org/docs/latest/tutorial/tutorial_trees.html#node-注释