R语言学习记录之安装caret包与jupyter关联R内核
张玺
1、安装caret包
#以下是caret包所依赖的所有包，可以用如下脚本进行安装预先依赖包
caret_needed_packages <- c("ps","processx","callr","prettyunits","backports","desc","pkgbuild","rprojroot","rstudioapi","numDeriv","SQUAREM","evaluate","pkgload","praise","colorspace","assertthat","utf8","lava","testthat","farver","labeling","munsell","R6","RColorBrewer","viridisLite","cli","crayon","ellipsis","fansi","pillar","pkgconfig","vctrs","stringi","prodlim","cpp11","digest","glue","gtable","isoband","rlang","scales","tibble","iterators","Rcpp","data.table","stringr","dplyr","generics","gower","ipred","lifecycle","lubridate","magrittr","purrr","tidyr","tidyselect","timeDate","ggplot2","foreach","plyr","ModelMetrics","reshape2","recipes","withr","pROC")
installed_pkgs <- installed.packages()
ind_flag<- caret_needed_packages %in% installed_pkgs
ind_needed_pkg<-caret_needed_packages[!ind_flag]
for(pkg in ind_needed_pkg){
install.packages(pkg,repos = "https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/")
}
或者，直接安装——需要注意的是一定注意镜像地址的选择，否则可能出现奇怪的问题。
install.packages("caret",repos = "https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/")
2、两种方式设置镜像网站
第一种，临时设置，使用options()函数
old_options<-options()
old_options$repos
options(repos = "https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/")
getOption("repos")
使用setRepositories()函数,也可以在BioC等镜像上设置
setRepositories(addURLs = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ ")
第二种，在Rstudio种Tools->Global Options ->Packages ->Management页设置，永久性的
3、在jupyter notebook中关联R语言
第一步，安装相关依赖包
install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools', 'uuid', 'digest'))
第二步，按照网络资料说明，安装devtools，然后从Github上安装IRkernel包
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
第三步，其实可以直接从CRAN上下载该IRkernel包的
install.packages("IRkernel")
第四步，R内核关联jupyter notebook
IRkernel::installspec()
或者，运行如下命令，直接安装在系统下
IRkernel::installspec(user = FALSE)
此时如果出现如下错误消息
Error in IRkernel::installspec() :
jupyter-client has to be installed but “jupyter kernelspec --version” exited with code 1.
此时有两种解决方法：
（1）在CMD中运行 IRkernel::installspec()命令，前提是：将R添加进环境变量，将anaconda添加进环境变量（主要是将Anaconda3\Scripts，Anaconda3，Anaconda3\Library等添加进环境变量）；
（2）直接在Anaconda prompt，在里边运行R，确保R的环境变量添加了，然后运行上述命令；
更新于2020-11-11下午，新的问题
在window10台式机上进行配置时，发现依旧出现问题如上：
> IRkernel::installspec()
Error in IRkernel::installspec() :
jupyter-client has to be installed but “jupyter kernelspec --version” exited with code 1.
按照上述两个方法操作之后，报错结果依据。。。。
一番网上搜索，没有头绪。
执行命令查看jupyter内核，出现如下错误：
>jupyter kernelspec list
Error executing Jupyter command 'kernelspec': [WinError 5] 拒绝访问。
也就是，权限错误——考虑权限问题，进行了如下操作：
（1）对 C:\ProgramData\Anaconda3文件夹进行整体的权限设置：右键属性—>安全—>编辑，为当前用户设置完全权限；
执行结果：依旧失败
（2）在路径C:\ProgramData\Anaconda3\Scripts下找到执行文件 jupyter-kernelspec.exe ，查看发现权限都是完全控制，但以管理员权限依旧无法运行；尝试在 右键属性—>安全—>编辑—>高级 中 “启用继承”：
执行结果：
> IRkernel::installspec()
[InstallKernelSpec] Installed kernelspec ir in C:\Users\zhangzhuo3\AppData\Roaming\jupyter\kernels\ir
为啥？我也不知道为啥！！！实在不太懂windows！
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