安装Ubuntu 12.04上的软件包R下载但不安装软件包

Question

我很困惑。我已经做了十几次这个过程，从来没有遇到过这个问题。

我为乌班图安装了最新版本的R

我输入R，没有任何问题，给我最新的版本，我可以加载原生包。

但当我尝试安装新的软件包时，它们会下载，但我什么也没得到。例如，如果我安装ggplot2：

> install.packages("ggplot2")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
also installing the dependencies ‘colorspace’, ‘stringr’, ‘RColorBrewer’, ‘dichromat’, ‘munsell’, ‘labeling’, ‘plyr’, ‘digest’, ‘gtable’, ‘reshape2’, ‘scales’, ‘proto’

trying URL 'http://rweb.quant.ku.edu/cran/src/contrib/colorspace_1.2-4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 242791 bytes (237 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 237 Kb

trying URL 'http://rweb.quant.ku.edu/cran/src/contrib/stringr_0.6.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 20636 bytes (20 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 20 Kb

[snip ... ]

trying URL 'http://rweb.quant.ku.edu/cran/src/contrib/ggplot2_0.9.3.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 2330942 bytes (2.2 Mb)
opened URL
==================================================
downloaded 2.2 Mb


The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/RtmpoPUAFL/downloaded_packages’
> library(ggplot2)
Error in library(ggplot2) : there is no package called ‘ggplot2’

我已经彻底清除了很多次文件，但运气都不好。

我以 root 用户身份登录。

我觉得我遗漏了什么明显的东西？我不知道——我在Ubuntu、Mac、Windows和Debian上做了十几次同样的事情。救命？

Answer 1

如果你的服务器没有足够的内存，R就不能安装包。

解决方案是要么增加物理内存，要么增加交换文件的大小。

创建一个2g的交换文件

sudo fallocate -l 2G /swap.img
sudo mkswap /swap.img
sudo swapon /swap.img

您可以使用swapon命令查看有多少可用的自由交换

root@foo:# swapon -s
Filename                Type        Size    Used    Priority
/swap.img                               file        2097148 213388  -1

Answer 2

看最后几行:

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpoPUAFL/downloaded_packages’

您必须转到目录 /tmp/rtmpoPUAFL/downloaded_packages （cd ...），然后按照上面指出的顺序手动安装它们。所以

R CMD INSTALL colorspace_1.2-4.tar.gz
R CMD INSTALL stringr_0.6.2.tar.gz
R CMD INSTALL ggplot2_0.9.3.1.tar.gz

然后尝试library（ggplot2）现在应该可以了

我不知道你为什么有时要这样做…我知道我也很乐意学习。

Answer 3

@jdharrison帮忙了。问题是我运行的VPS内存不足，所以我添加了一些交换，如下所述：

如何将交换添加到EC2实例？