NCBI C++ Toolkit

sra toolkit是ncbi上将 .sra文件转换为 .fstaq.gz文件的工具。 1.下载/调用 SRA Toolkit 可以直接在linux里在线下载，要根据自己的系统选择合适的安装版本。我查看了一下主机的linux为redhat类型，没找到这个类型的版本，又去服务器看了一下其他人的sratoolkit版本，都是centos_linux，因而选择这个版本应该是合适的。 wget http

# linux 中进入 https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Downloads wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6/sratoolkit.2.9.6-ubuntu64.tar.gz #下载所需要的版本，我的是ubuntu version,版本实时更新，所以拷贝链接，变更版本号 # 将下

一、NCBI各类数据储存库 1、Sequence Read Archive (SRA)：raw sequence data and alignment information from high throughput sequencing platforms including 454, illumina, SOLiD and PacBio. 此外， European Nucleotide Arc

【转录组入门】3：了解fastq测序数据 - 微凉charles - 博客园 nohup prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt & $ wget -i filename.txt 此命令常用于批量下载的情形，把所有需要下载文件的地址放到 filename.txt 中，然后 wget 就会自动为你下载所有文件了。 $ wget -c http://exampl

为了加快速度先下载aspera并添加环境变量，具体看以前的内容 下载sra toolkit加环境变量 下载EDirect 用yeast的几个数据说明 1. 直接用run id prefetch SRR1553610 2. 写入文件下载 echo SRR1553608 > sra.ids echo SRR1553605 >> sra.ids prefetch --option-file sra.id

本文最近更新地址： http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51077222 随着测序技术的不断提高，二代测序数据成指数增长。 NCBI提供了SRA数据库存储这些数据。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra 为了方便更好的分析这些数据，NCBI提供了下载的命令行工具：sra-toolkit。包括以下命令： 官方文档：

参考链接： FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库？ 下载blast：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases：BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库？ NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据

 最近NCBI的数据格式由于空间缘故都转换成了*.sra格式，不再支持*.fastq.gz，因此需要一个特别的转化工具来转换下载的*.sra数据文件。 转换工具下载地址：  http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software windows下进行格式转换： 我用的版本是 MS Windows 32 bit architect

https://hk.saowen.com/a/83427d3adb55f026875b2643c9398d2afceaa7d6e0f66901a0c18b52313643de 举个栗子: 我要下载PRJNA355614bioproject编号的SRA数据， Linux系统下，已有Entrez Direct以及SRA toolkit ， 下载完toolkit后有一点要注意，下载文件的缓存会放在ho

本文以SRR7663112为例，分为以下几步 建立工作目录 $ mkdir 221 && cd 221，目录下有五个子目录分别为 a)$ mkdir genes ——存放基因注释 *.gff b) $ mkdir genome ——存放完整基因 *.fna c)$ mkdir indexes ——存放索引 *.ht2 和用来抽取索引的extract_exons.py，extract_splice_

问题内容： 我正在使用Swing创建UI，我想在中显示图像。我使用的代码如下： 如果我使用图像，则效果很好，但涉及到（仅其中一些）图像，则图像变红（与Paint.NET中看到的图像不同）。我使用的图像是这样的：img.jpg 因此，我尝试（作为替代方法）： 有谁知道为什么会这样吗？它是不受支持的特殊格式吗？ 我在这个论坛上读到，大多数人建议使用ImageIO（例如在这里）。为什么？ 非常感谢 问题

问题内容： 有人有使用过保险丝图形工具包的经验吗？是否可以更改已经显示的图形，即。添加/删除节点和/或边缘，并正确调整显示？ 例如，prefuse附带一个示例，该示例形象化了一个朋友网络： http://prefuse.org/doc/manual/introduction/example/Example.java 我想做的事情与此类似： 但这似乎不起作用。有什么提示吗？ 问题答案： 正如我在另一

问题内容： 我已经简短地研究了GWT，并且喜欢我可以用Java开发并将应用程序编译为HTML和JavaScript的想法。GWT和AWT和Swing背后的概念是相同还是不同？ 问题答案： GWT在使用Widget，面板和提供的EventListener方面与Swing非常相似。观察GWT的另一种方法是将Javascript和HTML视为汇编语言，而将GWT视为生成Javascript和HTML的一

问题内容： 我正在寻找一种使用Google网页工具包通过自定义进度栏上传文件的方法。我不是在寻找显示自己进度条的插件，而是在寻找可以调用我的回调方法并通知进度的东西，这样我就可以显示自己的进度条。 如果那不可能，那么我想知道如何访问HTML5 File API，这样我就可以构建自己的文件上传器小部件。 有任何想法吗？ 谢谢。 问题答案： GWT中存在许多问题，因此很难解决： GWT中没有对象，因此

问题内容： 我的计算机上插入了两个屏幕，并且想知道JFrame或Toolkit中是否有一种方法可以检测到窗口在哪个屏幕上？ 我有这个代码： 哪个获取主屏幕的屏幕尺寸，但是如何获取第二个屏幕的尺寸或检测该窗口位于哪个屏幕上？ 问题答案： 您应该看一下GraphicsEnvironment。 特别是： 返回所有屏幕GraphicsDevice对象的数组。 您可以从这些GraphicDevice对象获取

问题内容： 我正在尝试从软件包中的src /文件夹中获取图像，但是没有成功。 有人建议吗？ 问题答案： 是否将其复制到构建代码的任何地方？作为一个在目录没有帮助，如果在执行时类是在目录（或jar文件）。 另请注意，如果您的课程在一个包中，则默认情况下它将相对于该包起作用。因此，如果您的包是foo.bar，它将在寻找。如果要使其绝对，则可以使用，也可以在字符串的开头放置前导： 要么 当然，如果目录

问题内容： 给定我具有故事的formattedID和objectID的情况，我需要为该故事创建一个新的Changeset条目。我正在使用给定的Java Toolkit for Rally REST API（http://developer.rallydev.com/help/java-toolkit-rally-rest- api） 这里的任何帮助将非常有用，谢谢！ 问题答案： 以下是如何完成此操

问题内容： 我正在尝试实现会话处理并将其与go-endpoints包结合使用！ 我用来处理会话的程序包是Gorilla Sessions（github.com/gorilla/sessions），我想要一些帮助。 我能够将cookie存储到客户端..当我调用端点时，可以看到cookie已发送到服务器。 问题是，当我尝试在调用api时从Session存储中获取Session值时，我无法扔到cooki