高通量测序SRA文件下载工具sra-toolkit安装方法

# linux 中进入 https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Downloads
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6/sratoolkit.2.9.6-ubuntu64.tar.gz
#下载所需要的版本，我的是ubuntu version,版本实时更新，所以拷贝链接，变更版本号
# 将下载的文件转移到固定的软件文件夹中比如software
tar xzvf sratoolkit.2.9.6-ubuntu64.tar.gz
#将来需要调用的命令都在bin文件夹中，更改环境变量(全局)，>>的意思是追加不是覆盖，以下路径需要自己主动变更，因为是我自己的系统，你只要找到你存放sratoolkit的路径替换掉/home......ubuntu64/之间的内容即可。
export PATH=$PATH:/home/decen/software/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
#调用一下命令试试看，prefetch SRR6819004,立即关闭终端，文件太大
#但是我尝试几次好像都是临时生效，关闭终端还是要重新配置变量

#方法二：第二个方法更有效
vi ~/.bashrc  #用vi/vim编辑器修改bashrc文件
i  #开始插入内容，移动光标到最底部，不管前面有任何内容，都要重启一行录入以下，并且你要找到你存放sratoolkit的路径替换掉/home......ubuntu64/之间的内容即可。
export PATH=$PATH:/home/username/local/app/sratoolkit/bin
ESC, :wq  #退出vi编辑器并保存文件
source ~/.bashrc  #让配置生效
#关闭linux，重启动

方法三：
sudo apt-get install sra-toolkit#但是安装的版本不一定格式最新的，这只能管linux。

方法四：最省事，如果你安装了miniconda，你可以尝试用miniconda安装,如果你不确定装那个，点击链接https://anaconda.org/bioconda/搜索你要的版本，一般都是装最新的。官方给出如下命令，二选一，第一个应该最普遍！

conda install -c bioconda sra-tools 
conda install -c bioconda/label/cf201901 sra-tools 

当然自从有了conda,一切都变得简单了，参见https://anaconda.org/bioconda/sra-tools。

下载数据的方法千千万，但是我觉得还是官方的靠谱点，坦白讲，甚至用迅雷都可以下载，而且带宽足够，下载速度呜呜的快，不亚于FTP下载！

但是这个时候你可能需要将windows下载的序列转移到linux中，那么你需要打开这个链接看看了：通过Virtualbox让windows和linux之间共享文件夹，建立Windows和linux之间的共享