Singularity

Singularity介绍 Singularity 是一种容器技术，用户可以在本地将软件打包成镜像，上传到服务器上运行。因为用户在本地计算机上拥有root权限，在制作软件的容器镜像时也拥有root权限，在部署安装应用的时候更加灵活。 (我在落地算法的时候需要用到ROS，使用学校的超算资源部署环境的时候，无法获得sudo权限。故悲惨打工人只能自己查阅资料，发现可以用集群可以提供的Singularit

0. 基本定义 Singularity (mathematics) 数学上的奇异性一般是指，函数在该点未定义（not defined，比如取值为无穷），或者不可微（fails to be well-behaved）。 1. 举例 f(x)=1x：在 x=0 处未定义； g(x)=|x|：在 x=0 处不可微（左导数不等于右导数）； y2=x 也就是 y=x√,x≥0，在点 (0,0) 处 虽然有定

2022.8.29 星期一 新的一周，开始了，没有下地的一天感觉自己棒极了，很舒适，很巴适。阴天凉快的我都找出来一件外套披着来上班，组会的讨论，还是只有我孤零零一个，队友们都很颓废，不知道为啥，可能身上没有啥背负的东西，没有自己想要的目标吧，颓废无所事事的人大部分都是这种状态，毕竟自己也有过颓废期。总之事情再坏，你在慢慢努力 ，总会朝着好的方向前进，事情再好，你一直躺平，总会朝着差的方向堕落。你的

项目场景： 需要用singularity执行nextflow命令 权衡了一下决定登录root账号安装了，因为有很多依赖。 参考文章：1、2官方文档 步骤：1.安装依赖 2.安装go=1.15；；（这些跟着做都没问题) 3.安装singularity=3.6.2；；(报错) 问题描述1 直接使用官方文档的语句： export VERSION=3.6.2 && \     wget https://g

什么是singularity容器 Singularity是劳伦斯伯克利国家实验室专门为大规模、跨节点HPC和DL工作负载而开发的容器化技术。具备轻量级、快速部署、方便迁移等诸多优势，且支持从Docker镜像格式转换为Singularity镜像格式。除了兼容docker的镜像之外，singularity还有一个不太明显的优势：可以通过非root帐号来拉起容器，这样对于某些安全性要求比较高的场景来说还

要在 Singularity 中运行图形程序需要重新制作一个镜像，使其包含执行图形应用程序需要的环境和程序，这里还是通过 sandbox 的方式来制作一个可以运行图形程序镜像。 首先以 root 身份运行命令创建一个 centos 的 sandbox。 $ sudo singularity -d build --sandbox centos/ docker://centos 如果已经下载过 ce

镜像的制作配置文件 Bootstrap:docker From: ubuntu:18.04 %help Redis 5.0.0 for Ubuntu %post apt-get update apt-get install -y wget build-essential wget http://download.redis.io

原文链接 - http://msdn.microsoft.com/msdnmag/issues/06/06/EndBracket/ 当发明C和C++语言时，计算机速度相当慢，存储器容量有限且昂贵，编译器也很简易。所以那时一门实际应用的语言只能是对汇编语言的修饰而已。然而，随着时代变更，这却限制了现代软件发展。今天，程序性能已经很少受限于原生处理器的速度。相反，延迟内存，磁盘，网络，数据库等经常对性

MPI(Message Passing Interface)广泛应用于高性能服务器中，可用于单系统多节点或者多个计算平台间通讯，目前主流的两个开源软件分别是OpenMPI和MPICH。Singularity同时支持这两个开源工具，本篇教程介绍如何在Singularity容器开发和运行MPI程序。 在Singularity容器是执行MPI程序最常见的方法就是使用宿主机中的MPI。由于我们会同时使用宿

原本Docker镜像挺好用的，但是最近做项目需要用到超算的集群，Docker无法在上面用，需要将Docker镜像转为singularity镜像，所以下面我就来谈谈如何安装singularity工具，并将docker镜像转为singularity镜像，最后运行singularity容器。 一、安装singularity 1、安装依赖 sudo apt-get update sudo apt-get

准备镜像目录 通过 “–sandbox” 选项指定一个目录来作为镜像运行目录。 $ sudo singularity -d build --sandbox ubuntu/ docker://ubuntu 运行并修改容器 在此镜像目录之上运行容器，这里需要使用 “–writable” 选项来使其可写。 $ sudo singularity shell --writable ubuntu/ # 在

在 Singularity 中如果需要限制容器的资源，也可以通过 Linux 的 cgroup 来实现。Singularity 对资源的限制是通过一个 .toml 文件来定义的，Singularity 提供了一个样例配置文件 /etc/singularity/cgroups/cgroups.toml，后面做资源限制的时候可以参考。 如果要使用 Singularity 来限制资源，需要在启动容器的时

技术背景 容器化技术在各种生产领域已经得到了广泛的应用，这得益于容器的轻量化(相比于虚拟机而言)，安全性(隔离弱于虚拟机，但是权限控制得当的情况下也可以认为是安全隔离的)以及系统级虚拟化带来的高可用性(基于NameSpace和cgroup)。虽然现在各大平台的兼容性有趋同的势头，比如Windows推出了WSL子系统，使得用户在Windows机器上也可以很轻松的搭建Linux环境。但是容器依然保持着

关于原理部分和更详细的介绍，见HiC-Pro: Hi-C数据预处理高效工具, 这里只介绍如何快速使用Singularity的HiC-Pro进行数据分析。 关键内容就是，config-hicpro.txt 里的文件路径信息都必须是绝对路径，否则默认都位于annotation目录下。切记，切记，切记。 第零步: Singularity的HiC-Pro镜像下载, # 下载 mkdir -p /opt/b

MPI(Message Passing Interface) 主流的两个开源软件分别是OpenMPI和MPICH (Singularity同时支持)。 *参考链接：https://sylabs.io/guides/3.3/user-guide/mpi.html 基本想法：要执行SIngularity容器的MPI代码时，使用mpiexec类似命令去调用singularity命令。容器外部的MPI进程

介绍 在 Singularity 中运行容器，当容器退出时，对容器做的修改均会丢失，那怎么保存对容器的修改呢？此时我们可以通过 Singularity 的 Overlay 实现。 Singularity 的 Overlay 其实就是一个目录或文件系统镜像，其中保存着对基于基础镜像的修改，可以使用 --overlay 选项来使用，且应用在下面几个容器命令上： run exec shell insta

Singularity入门之通过recipe文件创建镜像 Singularity中也提供了类似Docker中通过Dockerfile来创建镜像的功能，我们可以把创建镜像的内容写到Singularity文件中，然后使用Singularity这个文件来构建镜像。 创建Singularity文件 创建一个Singularity文件，内容如下： Bootstrap: docker From: ubuntu

Singularity可以方便地处理Docker镜像，以下是三种方式： 方式1：从docker uri开始 参考：https://sylabs.io/guides/3.7/user-guide/singularity_and_docker.html#remotely-hosted-images 有以下两个命令可用： singularity pull docker://godlovedc/lolco

问题描述 今天使用容器化软件singularity用沙盒方式创建一个了一个ArchLinux的沙盒。 为什么创建ArchLinux的沙盒呢？是因为使用AUR可以直接安装Geant4，非常方便 但是天下没有免费的午餐，也没有免费的晚餐，还没有免费的宵夜。首先安装ArchLinux就非常费劲，其次即使用容器化直接build这个ArchLinux，也非常难搞。 在安装yay（AUR管理程序）的时候，发现

问题内容： 与在内置的Web服务器上运行独立的Java应用程序并在反向代理后面运行相比，构建一个小型的Java Web应用程序以在Servlet容器（如Tomcat）中运行的优势是什么？ 我已经使用Java大约一年了。我注意到启动Tomcat需要时间，并且由于类加载器问题，并非总是可以进行热重新部署。Servlet API在我看来有些令人费解，尤其是从配置和RESTful设计的角度来看（实际上并没

我有一个docker-composer.yml，它正在设置两个服务:和。作为服务的node.js服务器使用连接到PostgreSQL数据库；而服务是一个PostgreSQL映像。 在服务器启动时，它尝试连接到数据库，但获得超时。 服务输出： -由服务中的命令使用。 服务输出： 从主机运行的脚本的输出： 此输出表示连接成功。 我无法从容器到达容器，因为连接超时，但我可以从主机计算机到达容器，因为连接

问题内容： 我尝试在具有/tmp/.X11-unix装载的容器docker中运行一些Qt应用程序。我在这里看到 这可能很困难。 因此，当我在容器docker中运行kdevelop时，它不起作用（我有一个空窗口）。但是如果我运行qtcreator很好。 我认为差异来自Qt版本（kdevelop在Qt4和qtcreator在Qt5中开发）。我所有其他的qt5应用程序都可以正常工作，但在qt4中却没有一

我正在尝试使用Janalyiler分析部署在mule容器（CE v3.4）上的Mule ESB应用程序，但迄今为止没有成功。我的Mule服务器在linux 64位服务器上远程运行，而janalyiler在我的本地Windows机器上运行。我正在尝试将本地Windows机器上运行的janalyiler远程连接到在linux服务器上远程运行的Mule服务器，但到目前为止，我未能将本地运行的janaly

我刚刚发布了我的应用程序为穿戴设备，它的手表脸，没有任何UI为电话应用程序。我上传到了Google Play。但它说这个应用程序与你的设备不兼容。到所有用户或设备。 有人知道吗？

我正在尝试在docker容器中运行spring boot应用程序，该容器链接到docker mysql容器。当我试图运行docker容器，其中包含spring boot应用程序时，我收到以下错误： 当我尝试在没有docker容器的情况下运行spring boot应用程序时，与mysql容器的连接是有效的。 这是应用程序。我用于spring boot应用程序的yml： 对于Dockerfile： 和

喂，伙计们！ 这是我的第一次，所以我会尽力做到最好。 我想创建一个应用程序，它是运行与Springboot框架，我想把它连接到一个docker容器嵌入MySQL（但Spring启动应用程序不是运行在docker） 所以我一直关注这个帖子 我已经做了我的docker-comact： 我用这个命令运行它： 一切都很好，所以现在我在Spring靴上改变application.properties： 但当

当我在本地运行django应用程序时，它工作正常，但当我在容器上运行它时，它不工作。这是港口问题吗？当我把它作为本地应用程序运行（没有docker）时，我把它指向localhost:8000/polls，它就像一个魅力。但是我发现，“localhost页面不工作。当我运行容器时，localhost没有发送任何数据。ERR_EMPTY_RESPONSE”。该应用程序基本上与Django教程一字不差h