Amber

Web 编程语言
授权协议 MIT
开发语言 JavaScript
所属分类 程序开发、 脚本编程语言
软件类型 开源软件
地区 不详
投 递 者 曾骁
操作系统 跨平台
开源组织
适用人群 未知
 软件概览

Amber 是一个继承于 Smalltalk 的编程语言和环境,主要用于基于浏览器的 Web 应用的开发。

使用方法:

<script src="js/amber.js" type="text/javascript"></script>
<script type="text/javascript"> loadAmber({deploy: true})</script>

一些重点

  • Amber的IDE带有类浏览器,工作区,脚本,支持发件人/实现者和类引用的ReferencesBrowser,基本的Inspector以及调试器和TestRunner单元的开头。
  • Pharo Smalltalk被视为参考实现。
  • Amber可通过库进行扩展,最好通过bower以下方式安装:
    • amber-contrib-web默认情况下,使用画布生成HTML(例如Seaside)包含在新项目中,
    • silk 默认情况下,新项目中包含类似DOM元素的流式包装,
    • helios IDE,默认情况下包含在新项目中,
    • amber-contrib-legacy 具有较小的页面内“经典” IDE和一些杂项(默认情况下包含在新项目中),
    • trysmalltalk,其中包含Stef教授的互动速成课程。
    • 和别的。您可以轻松地自己编写一个Amber库。
  • 琥珀可以使用Javascript库;“经典” IDE和Helios都是基于jQuery构建的
  • 您可以内联Javascript代码,并且有许多方法可以在Amber和Javascript之间进行交互
  • 1.文件处理 将处理后的共晶结构或者对接结果导入,以蛋白与分子相互作用分子 经过对接软件处理后的结果 以蛋白为pdb文件,分子为sdf文件为例 2.蛋白与分子处理 (1) 前处理 使分子带电荷 antechamber -i L.sdf -fi sdf -o L.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2 parmchk2 -i L.mol2 -f mol2 -o L.frcmod 蛋白重

  • VERSION 版本1 FLAG 标志 AMBER_ATOM_TYPE 文件中使用的原子类型 ANGLE_FORCE_CONSTANT 角能量公式:Eangle =1/2*Kth(th-th0)^2 中的Kth值 ANGLE_EQUIL_VALUE 角能量公式:Eangle =1/2*Kth(th-th0)^2 中的th0值 ANGLES_INC_HYDROGEN 至少一个原子是氢的角的列表 每3

  •                                 amber参数 imin =0,默认,运行MD不再进行MM =1,进行MM, =2,读入轨迹进行分析 ntx   从inpcrd文件读取初始坐标、速度和盒子大小 =1,默认,只读入坐标,不读入速度, =5,同时读入速度和坐标信息,当ntb>0时,读入盒子信息,当irest=1时,速度 信息才有效读入, irest   重启模拟标志 =

  • 安装必要包 apt-get update apt install bc csh flex xorg-dev zlib1g-dev build-essential libbz2-dev patch cmake bison gfortran python 到Amber官网下载代码 https://ambermd.org/index.php tar xvfj AmberTools22.tar.bz2

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