amber参数

imin =0，默认，运行MD不再进行MM

=1，进行MM，

=2，读入轨迹进行分析

ntx   从inpcrd文件读取初始坐标、速度和盒子大小

=1，默认，只读入坐标，不读入速度，

=5，同时读入速度和坐标信息，当ntb>0时，读入盒子信息，当irest=1时，速度 信息才有效读入，

irest   重启模拟标志

=0，默认，不需要重启模拟，相反的启动新的模拟。如有速度信息则被忽略，同样 的时间步长计数将被设置为0，

=1，重启模拟，从之前保存的restart文件中读取坐标和速度信息，如果irest=1， 则ntx必须是4或者更高（ntx=5）。

ntpr 默认值50，能量和温度等信息写入mdout和mdinfo文件的步长，

ntwr 默认等于nstlim，写入restrt文件的步长，确保在运行过程中程序或系统崩溃导致 数据丢失，可从崩溃过程重启恢复。无论ntwr的值是多少，restrt文件都在运行结 束是写入， 即在nstlim步骤（MD）或maxcyc（MM）之后写入。

如果希望从多个起点运行自由能扰动或保存一系列restrt文件进行最小化，则此选 项非常有用。其他一般不进行设置，默认最终自动写入restrt文件。

ntwx 默认值0。坐标写入mdcrd文件的步长，

如果ntwx=0，则不写入坐标轨迹文件。

ntwv 速度写入mdvel文件的步长，

如果ntwv=0，则不写入速度轨迹文件。

如果ntwv=-1（负1），速度将写入mdcrd，然后再ntwx定义区间上生成一个坐标/ 速度组合文件。（通常不需设置，默认值=0）

ntwf 力写入mdfrc文件的步长，

如果ntwf=0，则不写入力轨迹文件，

如果ntwf=-1，则力被写入mdcrd文件，然后在ntwx定义的区间上生成坐标/力组 合轨迹文件。（通常不需要设置，默认值=0）

ntwe 能量和温度以紧凑形式写入mden文件的步长，

=0，不写入mden文件，注意，mden文件中的坐标和速度与mdcrd或mdvel文件 中的坐标和速度不同步，假设ntwe和ntwx相同的值，能量比坐标先一步，因此很 少写明mden文件，默认值=0。

ioutfm 坐标和速度轨迹文件的格式（mdcrd，mdvel，inptraj）

=0，格式化的ASCII轨迹

=1，二进制NetCDF轨迹（默认）

ntwprt 轨迹文件包含的原子数目，可通过该标志用来减少文件的大小，如只包含溶质数目， 不含溶剂数目等。

=0，写入轨迹时包含所有原子，默认值；

>0，写入轨迹时只包括原子1到ntwprt设置值。

idecomp 根据所选方案进行能量分解，如果要求能量分解，残基可以有RRES和/或LRES card 选择。

=0，不进行能量分解，默认值。

=1，在每个残基基础上分解能量，1-4 EEL+1-4 VDW被加入到内部能量（键，角， 二面体）

=2，在每个残基基础上分解能量，1-4 EEL+1-4 VDW添加到EEL和VDW；

=3，在每个成对的残基基础上分解能量，否则等同于edecomp=1，不支持TI模拟；

=4，在每个成对的残基基础上分解能量，否则等同于edecomp=2，不支持TI模拟；

ntr 约束原子参数，

=0，不约束原子，默认值，

>0，约束原子，由restraintmask限定，力限制有straint_wt控制，坐标将从restrt 文件读取refc文件。

restraint_wt 位置约束的重量，单位kcal/mol-A2，

restraintmask 当ntr=1时，约束原子字符串。

maxcyc 最大循环次数，默认值=1.

ncyc 如果ntmin=1，则将在ncyc周期后将最小化方法从最陡下降转换为共轭梯度，默 认值=10.

ntmin 最小化方法

=0，全共轭梯度最小化

=1，ncyc循环，先使用最陡下降然后转换为共轭梯度，默认为1，

=2，只使用最陡下降法，

=3，使用xmin方法，

=4，使用LMOD方法，

drms 能量梯度收敛准则，当梯度的笛卡尔元素均方根小于DRMS时，最小化将停止。默 认值=1.0*10-4 kcal/mol·A。

nstlim MD步长，默认值=1.

dt 时间步长（默认值0.001），如果使用SHAKE推荐最大值为0.002，如果不使用SHAKE， 则选择0.001.注意，对于300K以上的温度，应该减少步长大小，因为更高的温度 意味着速度增加，每个力评估之间的距离更长，这可能导致异常高的能量和系统爆 炸。

HMR与SHAKE连用，允许时间步长以稳定的方式增加大约两倍（提高到0.004）， 通过减缓系统中的高频氢运动。要使用HMR，在开始模拟前，需要更改拓扑文件 中的质量。Parm Ed可以使用HMass Competition选项自动完成此操作。

nrespa 该变量允许用户在力场中较少频繁地评估缓慢变化的项。对于PME， “slowly-varying”现在意味着倒数和。对于广义波恩运行，“slowly-varying”的力 是那些涉及有效半径的导数力以及距离大于内部cutoff值的一对相互作用，目前 hard-wired在8埃。

如果nrespa大于1，则每个nrespa步骤都评估这些缓慢变化的力。力进行适当的 调整，从而导致在那一步的波动。

如果nrespa*dt≤4fs，则能量守恒不会严重受损，

如果nrespa*dt＞4fs，则模拟会变得不那么稳定。

ntt 温度调节参数

=0，恒定的总能量经典动力学（假设ntb＜2，可能一直是这样ntt=0），注意，当 ntt=0，采用NVE方法。

=1，恒温，采用弱耦合算法，当ntt=1时，不适用于广义波恩模拟。

=2，安徒生式温度耦合方案，

=3，使用Langevin动力学与gamma_ln给出的碰撞频率γ。注意当γ=0时，等同 于ntt=0。langevin模拟非常容易受到同步伪影的影响，应该在每次模拟开始前给 定模拟的不同ig值。

=9，优化的OIN系综。

=10，随机等动能Nose-Hoover Respa积分器。

=11，随机版本的Berendsen恒温器，也称为Bussi恒温器。

temp0 如果ntt＞0，系统要保持的参考温度。默认值=300

tempi 初始温度。

ig 伪随机数发生器的种子。如果ntx=3和tempi=0.0，MD启动速度参数取决于随机数 发生器种子。这个种子的值会影响用于langevin动力学或Andersen耦合的伪随机 值表，因此如果ntt=2或者ntt=3，则应该在每次重新启动时设置为不同的值。

如果ig=1（默认值），随机种子将基于当前日期和时间，因此每次运行都是不同的。

建议，除非特别希望重现性，否则当ntt=2或者3时，ig应设置为-1。

tautp 时间常数，单位ps。默认值=1.0

如果ntt=1，用于系统的热浴耦合；

一般来说，tautp的值应该在0.5-5.0ps的范围内，较小的值提供了更紧密的热浴耦 合，因此，加热速度更快，轨迹也更自然。

gamma_ln 当ntt=3，碰撞频率γ，单位ps-1.默认值=0。

vlimit 如果不等于0，则大于abs（vlimit）的速度的任何分量将减少到vlimit。默认值=20.