AMBER

VERSION

版本¹

FLAG

标志

AMBER_ATOM_TYPE

文件中使用的原子类型

ANGLE_FORCE_CONSTANT

角能量公式：Eangle =1/2*Kth(th-th0)^2
中的Kth值

ANGLE_EQUIL_VALUE

角能量公式：Eangle =1/2*Kth(th-th0)^2
中的th0值

ANGLES_INC_HYDROGEN

至少一个原子是氢的角的列表
每3个一组，前面两个将数据 N/3 + 1分别代表原子序号，后面一个是ANGLE_FORCE_CONSTANT和ANGLE_EQUIL_VALUE的序号

ANGLES_WITHOUT_HYDROGEN

没有原子是氢的角的列表

ATOM_NAME

原子名

ATOMIC_NUMBER

原子核数

ATOM_TYPE_INDEX

兰纳-琼斯势原子类型索引，用于计算NONBONDED_PARM_INDEX

BOND_FORCE_CONSTANT

键力约束 对应inp:BOND-K
键能量公式：Ebond =1/2*K(r-r0)^2
每个键的K值

BOND_EQUIL_VALUE

每个键平衡距离 对应inp:BOND-R0
对应键能量公式中的r0

BONDS_INC_HYDROGEN

至少一个原子是氢的键的列表
每3个一组，前面两个将数据 N/3 + 1分别代表原子序号，后面一个是BOND_FORCE_CONSTANT和BOND_EQUIL_VALUE的序号

BONDS_WITHOUT_HYDROGEN

没有原子是氢的键的列表

CHARGE

电荷 对应inp:CHARGE
除以18.2223为真实电荷量（一个电子是-1.6021892×10^19C）

DIHEDRAL_FORCE_CONSTANT

扭转能 Etorsion = ktor cos (n*phi- psi)
中的ktor

DIHEDRAL_PERIODICITY

扭转能中的n

DIHEDRAL_PHASE

扭转能中的psi

DIHEDRALS_INC_HYDROGEN

至少一个原子是氢的扭转力的列表
每5个一组，前面4个将数据 N/3 + 1分别代表原子序号，后面一个是DIHEDRAL_FORCE_CONSTANT，DIHEDRAL_PERIODICITY，DIHEDRAL_PHASE，SCEE_SCALE_FACTOR和 SCNB_SCALE_FACTOR的序号

DIHEDRALS_WITHOUT_HYDROGEN

没有原子是氢的扭转力的列表

EXCLUDED_ATOMS_LIST

排除原子的列表，与NUMBER_EXCLUDED_ATOMS对应
比如NUMBER_EXCLUDED_ATOMS中 3,2,1,1
即EXCLUDED_ATOMS_LIST中前3个是第一个原子的要排除的，后面2个是第二个原子的要排除的，再后面1个是第三个原子的要排除的，最后1个是是第四个原子的要排除的

HBOND_ACOEF

最新版本已丢弃

HBOND_BCOEF

最新版本已丢弃

HBCUT

不再使用

JOIN_ARRAY

不再使用，都填0

LENNARD_JONES_ACOEF

LJ非键相互作用计算公式
ELJ =aij/(r^12) -
bij/(r^6)
中的aij

LENNARD_JONES_BCOEF

LJ非键相互作用计算公式中的bij

IPOL

对于固定电荷力场为0，对于包含极化的力场则为1

MASS

原子质量，g mol-1

NUMBER_EXCLUDED_ATOMS

进行non-bonded计算时需要从原子中排除的原子数,
（如果原子1和2相连，则原子2在原子1的排除列表，但原子1不在原子2的排除列表中）

NONBONDED_PARM_INDEX

两个原子 i 和j 在 LENNARD_JONES_ACOEF 和
LENNARD_JONES_BCOEF 数组中的序号 计算方式：
index = NONBONDED_PARM_INDEX [NTYPES * (ATOM TYPE INDEX(i) -1) + ATOM TYPE INDEX(j)]

IROTAT

不再使用，都填0

POINTERS

文件中包含多少参数信息，格式如下，其中NCOPY有的可能没有：
NATOM, NTYPES, NBONH, MBONA, NTHETH, MTHETA,NPHIH, MPHIA, NHPARM, NPARM,
NNB, NRES,NBONA, NTHETA, NPHIA, NUMBND, NUMANG, NPTRA,NATYP, NPHB,
IFPERT, NBPER, NGPER, NDPER,MBPER, MGPER, MDPER, IFBOX, NMXRS, IFCAP,
NUMEXTRA, NCOPY

NATOM

总原子数

NTYPES

不同原子类型的总数

NBONH

氢键数

MBONA

不含氢的键数

NTHETH

含氢的角度数

MTHETA

不含氢的角度数

NPHIH

含氢的二面体数²

MPHIA

不含氢的二面体数

NHPARM

目前未使用

NPARM

用于确定addles是否创建了prmtop

NNB

排除原子数

NRES

残基数³

NBONA

MBONA +约束键数

NTHETA

MTHETA + 约束角数

NPHIA

MPHIA + 约束二面体数

NUMBND

唯一键数量

NUMANG

唯一角度数量

NPTRA

唯一二面体数量

NATYP

参数文件中的原子类型数

NPHB

不同的10-12个氢键对类型的数量

IFPERT

如果要读取扰动信息，则设置为1

NBPER

扰动键的数量

NGPER

扰动的角度数

NDPER

扰动的二面体数

MBPER

完全处于扰动基团中的原子的键数

MGPER

完全处于扰动组的原子的角度数

MDPER

原子完全处于扰动的基团的二面体数

IFBOX

如果标准周期框设置为1，则截断八面体时设置为2

NMXRS

最大残基中的原子数

IFCAP

如果指定了编辑的CAP选项，则设置为1

NUMEXTRA

拓扑中的额外点数

NCOPY

PIMD切片数/液滴数

RADIUS_SET

此部分包含一个单行字符串（最多80个字符），用于描述
拓扑文件中定义的固有隐式溶剂半径集，可用的有：
bondi Bondi radii (bondi)
amber6 amber6 modified Bondi radii (amber6)
mbondi modified Bondi radii (mbondi)
mbondi2 H(N)-modified Bondi radii (mbondi2)
mbondi3 ArgH and AspGlu0 modified Bondi2 radii (mbondi3)

RADII

本节包含用于隐式溶剂计算的每个原子的本征半径
广义玻恩本征介电半径

RESIDUE_LABEL

top文件中每个残基的残基名称

RESIDUE_POINTER

列出每个残基中的第一个原子

TITLE

标题

SCEE_SCALE_FACTOR

1-4静电相互作用（扭转两端的两个原子）除的因子

SCNB_SCALE_FACTOR

1-4范德华相互作用（扭转两端的两个原子）除的因子⁴

SCREEN

广义玻恩的筛选参数

SOLTY

暂未使用

TREE_CHAIN_CLASSIFICATION

原子树结构，有下面几种类型：
M 原子在主链
S 原子在旁链
E 这个原子是链终止原子
3 从这点该结构分为3个链
BLA 不属于上面任何一类

FORMAT

格式

20a4

字符

10I8

整型

5E16.8

浮点

---

1. 参考http://ambermd.org/FileFormats.php ↩︎

2. 分子不在同一平面，产生键扭转 ↩︎

3. 在蛋白质的序列中，氨基酸之间的氨基和羧基脱水成键，氨基酸由于其部分基团参与了肽键的形成，剩余的结构部分则称氨基酸残基。 ↩︎

4. 范德华力，存在于中性分子或原子之间的一种弱碱性的电性吸引力https://baike.baidu.com/item/%E5%88%86%E5%AD%90%E9%97%B4%E4%BD%9C%E7%94%A8%E5%8A%9B/1852794?fromtitle=%E8%8C%83%E5%BE%B7%E5%8D%8E%E5%8A%9B&fromid=1134010&fr=aladdin ↩︎