NiftyNet

开源的卷积神经网络和医疗影像分析平台
授权协议 Apache-2.0
开发语言 Python
所属分类 神经网络/人工智能、 机器学习/深度学习
软件类型 开源软件
地区 不详
投 递 者 季小云
操作系统 跨平台
开源组织
适用人群 未知
 软件概览

NiftyNet 是一个基于 TensorFlow 的开源卷积神经网络平台,用来研究医疗影像分析和影像导向的治疗。NiftyNet 有着模块化的架构设计,能够共享网络架构和预训练模型。使用该模块架构,你可以:

  • 使用内建工具,从建立好的预训练网络开始;

  • 根据自己的图像数据改造已有的网络;

  • 根据自己的图像分析问题快速构建新的解决方案。

特征

NiftyNet 现在支持医疗影像分割和生成式对抗网络。该开源平台并非面向临床使用,其他的特征包括:

  • 易于定制的网络组件接口;

  • 共享网络和预训练模块;

  • 支持 2D、2.5D、3D、4D 输入;

  • 支持多 GPU 的高效训练;

  • 多种先进网络的实现(HighRes3DNet、3D U-net、V-net、DeepMedic);

  • 对医疗影像分割的综合评估指标。

摘自 机器之心微信公众号

  • 1. NiftyNet项目概述 NiftyNet项目对tensorflow进行了比较好的封装,实现了一整套的DeepLearning流程。将数据加载、模型加载,网络结构定义等进行了很好的分离,抽象封装成了各自独立的模块。虽然抽象的概念比较多,使得整个项目更为复杂,但是整体结构清晰,支持的模块多。可扩展性还没有进行试验,暂时不是很清楚。 该项目能够实现: 图像分割 图像分类 gan Autoenco

  • 一些参数 volume:一张图片 window_spatial_size 采样窗口的大小 问题: window_spatial_size=32,32,32,图片size=580,580,530. 训练过程层中,dice loss 降到0.87左右。(classnum=8)(1-1/8=0.875??必有联系!) 调整window_spatial_size=96,96,96,后dice loss 可

  • 网址: https://cmiclab.cs.ucl.ac.uk/CMIC/NiftyNet点击打开链接

  • NiftyNet开源平台的使用    NiftyNet基础架构是使研究人员能够快速开发和分发用于分割、回归、图像生成和表示学习应用程序,或将平台扩展到新的应用程序的深度学习解决方案。 详细介绍请见: ( https://www.cnblogs.com/zhhfan/p/9800473.html) 官网  ( https://niftynet.readthedocs.io/en/latest/con

  • 1. 环境准备 参考官方文档:https://niftynet.readthedocs.io/en/dev/installation.html # 创建 conda 环境 conda create -n tensorflow-gpu python=3.6 # 安装 tensorflow pip install tensorflow-gpu==1.10.0 # 安装 niftynet git clo

  • 核心问题有两个,1是Nvidia支持cuda11.*而tensorflow1.15支持的是cuda9;2是niftynet有tf1.12的版本,如何合并两个版本。 要不是论文需要这个库,在22年谁还在用tf1.15/12啊 大炮打蚊子的感觉。

  • 网址: https://cmiclab.cs.ucl.ac.uk/CMIC/NiftyNetExampleServer/blob/master/model_zoo.md点击打开链接

  • 网址: https://cmiclab.cs.ucl.ac.uk/CMIC/NiftyNetExampleServer/blob/master/dense_vnet_abdominal_ct_model_zoo.md点击打开链接

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