NiftyNet 项目了解

1. NiftyNet项目概述

NiftyNet项目对tensorflow进行了比较好的封装，实现了一整套的DeepLearning流程。将数据加载、模型加载，网络结构定义等进行了很好的分离，抽象封装成了各自独立的模块。虽然抽象的概念比较多，使得整个项目更为复杂，但是整体结构清晰，支持的模块多。可扩展性还没有进行试验，暂时不是很清楚。 该项目能够实现：

1. 图像分割
2. 图像分类
3. gan
4. Autoencoder
5. 回归

项目支持医学图像的读取，提供的读取器有：

1. nibabel 支持.nii医学文件格式
2. simpleitk 支持.dcm和.mhd格式的医疗图像
3. opencv 支持.jpg等常见图像读取，读取后通道顺序为BGR
4. skimage 支持.jpg等常见图像读取
5. pillow 支持.jpg等常见图像读取

在使用中遇到了一些问题，其训练的速度非常慢。最开始单个iter的平均训练时间估计在40秒以上，有的iter时间会有200秒。现在主要在查找性能瓶颈。

 

 

 

一、       项目结构

niftynet.engine.application_driver(ApplicationDriver)定义并驱动着整个Application的生命周期，将配置数据进行解析后，实例化Application并启动流程。

i.              Application

Application 作为核心概念，承担整个train或inference的主要功能。所有Application继承于niftynet.application.base_application(简称为BaseApplication)。BaseApplication使用单例模式。

在Application类中，构建了Tensorflow的图结构和创建Session用于驱动计算。
BaseApplication单例模式的具体实现有一点小问题。

Application所完成的工作具体可以划分成以下4个环节

1. 输入数据相关 数据加载，数据增强，数据取样等，抽象在这两个接口中在SegmentationApplication中，sampler支持：uniform, weighted, resized, balanced4种方式

      initialise_dataset_loader()
initialise_sampler()

1. 网络结构相关 网络结构的定义，参数的管理，自定义操作等，抽象在此接口中

      initialise_network()

1. 模型共享相关 完成由网络的输入到网络的输出，计算loss、gradient，创建optimizer等，抽象在此接口中

      connect_data_and_network()

1. 输出解码相关 inference将网络输出解码操作，抽象在此接口中

      interpret_output()

ii.              Config

配置文件需要必须包含的模块：

• [SYSTEM]
• [NETWORK]
• 如果action为train，那么config中需要包含[TRAINING]模块
• 如果action为inference，那么config中需要包含[INFERENCE]模块
• 额外的，根据特定的application，会需要包含指定名称的模块。如：

–             [GAN]

–             [SEGMENTATION]

–             [REGRESSION]

–             [AUTOENCODER]

• 除了以上的配置外，其他的数据会处理为input data source specifications【数据声明模块】

l  数据声明模块

Name	解释	例子	默认值
csv_file	包含输入图像文件的列表	csvfile=filelist.csv	''
pathtosearch	如果没有配置csv_file，则从此路径下去搜索输入图像	pathtosearch=~/ct_data	NiftyNet home folder
filename_contains	搜索输入图像时用于匹配的关键词	filename_contains=foo, bar	''
filenamenotcontains	搜索输入图像时用于排除的关键词	filenamenotcontains=ti, s1	''
filename_removefromid	正则表达式，用于从输入图像的文件名中，解析出id	filename_removefromid=foo	''
interp_order	插值法	interp_order=1	3
pixdim	如果指定了，输入的3D图像会重新采样到指定大小再送入网络	pixdim=1.2, 1.2, 1.2	''
axcodes	如果指定了，输入的3D图像会重新设定到指定的axcodes顺序再送入网络 参考文章	axcodes=L, P, S	''
spatialwindowsize	3个整数，指定输入window的大小[能被8整除]	spatialwindowsize=64, 64, 64	''
loader	指定图像读取loader类型	loder=simpleitk	None

[interp_order]  当设定采样方法为resize时,需要这个参数对图片上采样或下采样 1表示双线性插值
0表示最近邻插值
3表示三次样条插值

l  [SYSTEM]

Name	解释	例子	默认值
cude_devices	指定GPU	cuda_devices=0,1	''
num_threads	预处理线程的数量	num_threads=8	2
num_gpus	训练时使用GPU数量	num_gpus=2	1
model_dir	保存或读取模型权重和Log的位置	model_dir=~/niftynet/xxx	config文件所在目录
datasetsplitfile	用于将数据划分成training/validation/inferenct字集	datasetsplitfile=~/nifnet/xxx	./datasetsplitfile.csv
event_handler	注册事件处理	eventhandler=modelrestorer	modelsaver, modelrestorer, samplerthreading, applygradients, outputinterpreter, consolelogger, tensorboard_logger

l  [NETWORK]

Names	解释	例子	默认值
name	所使用的网络结构	name=niftynet.network.toynet.ToyNet	‘’
activation_function	设置网络中使用的激活函数	activation_function=prelu	Relu
batch_size	批大小	batch_size=10	2
smaller_final_batch_mode	当总数据量不能被batch_size整除时，最后一个batch_size的方式	smaller_final_batch_mode=drop smaller_final_batch_mode=pad smaller_final_batch_mode=dynamic	pad
decay	正则化参数	decay=1e-5	0.0
reg_type	正则化类型	reg_type=L1	L2
volume_padding_size		volume_padding_size=4, 4, 4	0, 0, 0
volume_padding_mode		volume_padding_mode=symmetric	minimum
window_sampling	采样的类型	window_sampling=uniform 固定尺寸，相同的概率分布 window_sampling=weighted 固定尺寸，根据intensity作为概率分布 window_sampling=balanced 固定尺寸，每个label拥有相同采样概率 window_sampling=resize 缩放图像到window尺寸	uniform
queue_length	采样时使用的buffer大小	queue_length=10	5
keep_prob	如果网络中使用了dropout	keep_prob=0.2	1.0

 

l  [TRAINING]

Name	解释	例子	默认值
optimizer	优化器类型	optimizer=momentum	adam
sample_per_volume	每个输入图像采样的次数	sample_per_volume=5	1
lr	学习率	lr=0.0001	0.1
loss_type	loss计算方式	loss_type=CrossEntropy	Dice
starting_iter	启动的iter	starting_iter=0	0
save_every_n	保存的间隔	save_every_n=50	500
tensorboard_every_n	tensorboard记录的间隔	tensorboard_every_n=50	20
max_iter	最大iter数	max_iter=3000	10000
max_checkpoints	保存的最多checkpoint数	max_checkpoints=5	100

训练时验证

validation_every_n	训练时进行验证的间隔	validation_every_n=10	-1
validation_max_iter	验证时iter的数量	validation_max_iter=5	1
exclude_fraction_for_validation	验证集的比重	exclude_fraction_for_validation=0.2	0.0
exclude_fraction_for_inference	测试集的比重	exclude_fraction_for_inference=0.1	0.0

数据增强

rotation_angle	旋转	rotation_angle=-10.0, 10.0	‘’
scaling_percentage	缩放	scaling_percentage=-20.0, 20.0	‘’
random_flipping_axes	翻转	random_flipping_axes=1,2	-1

 

 

l  [INFERENCE]

Name	解释	例子	默认值
spatial_window_size	网络输入尺寸大小	spatial_window_size=64,64,64	‘’
border	输入尺寸的边框	border=5,5,5	0,0,0
inference_iter	使用指定iter保存的权重文件	inference_iter=1000	-1
save_seg_dir	保存输出路径	save_seg_dir=output/test	output
output_postfix	输出保存的后缀	output_postfix=_output	_niftynet_out
output_interp_order	插值法	output_interp_order=0	0
dataset_to_infer	使用的数据集，可选：’all’, ‘training’, ‘validation’, ‘inference’	dataset_to_infer=all	‘’

 

iii.              Reader & Dataset

n  niftynet.io.image_reader模块
ImageReader的主要作用是，遍历一组目录，搜索并返回一个图像的列表，以及使用iterative的方式将数据加载到内存中。
ImageReader会创建一个tf.data.Dataset的对象，这样使得模块可以很方便地接入到基于tensorflow的程序中。
ImageReader的特点：

l  设计用于支持医疗图像数据的格式

l  支持多模态输入数据

l  支持tf.data.Dataset

n  niftynet.contrib.dataset_sampler
sampler将 image reader作为输入，从每张图像中采取出结果输出。
在很多的医学图像处理的情况中，由于GPU显存的限制以及训练效率等的考虑，网络结构会对图像的部分进行处理而非整张图像。

iv.              Network

项目中包含了一些已经实现的网络：

1. GAN:

–             simulator_gan

–             siple_gan

1. Segmentation:

–             highres3dnet, highres3dnetsmall, highres3dnetlarge

–             toynet

–             unet

–             vnet

–             dense_vnet

–             deepmedic

–             scalenet

–             holisticnet

–             unet_2d

1. classification:

–             resnet

–             se_resnet

1. autoencoder:

–             vae

v.              Loss

已提供支持的loss计算方式

1. Segmentation
   1. CrossEntropy
   2. CrossEntropy_Dense
   3. Dice
   4. Dice_NS
   5. Dice_Dense
   6. Dice_Dense_NS
   7. Tversky
   8. GDSC
   9. WGDL
   10. SensSpec
   11. Gan
       1. CrossEntropy
       2. Regression
          1. L1Loss
          2. L2Loss
          3. RMSE
          4. MAE
          5. Huber
          6. Classification
             1. CrossEntropy
             2. AutoEncoder
                1. VariationalLowerBound

支持的优化器类型

1. adam
2. gradientdescent
3. momentum
4. nesterov
5. adagrad
6. rmsprop

vi.              Event机制

NiftyNet项目的设计，使用了Signal和event handler模式，具体实现使用了blinker库。这样可以方便地将模型保存，tensorboard记录等操作进行配置。

目前可供注册的signal有：

1. GRAPH_CREATED
2. SESS_STARTED
3. SESS_FINISHED
4. ITER_STARTED
5. ITER_FINISHED

信号处理函数注册到对应的信号后，由引擎负责调用。

vii.              Layer

网络层的相关设计都封装在Layer类中，可继承layer类，实现定制化结构