dcm2niix 被设计用来将神经影像数据从 DICOM 格式转换为 NIfTI 格式。MRIcroGL 中包含了用于 Linux、macOS 和 Windows 的最新稳定版本的编译版本。该软件的完整手册以 NITRC wiki 的形式提供。
依赖性
这个软件可以在 macOS、Linux 和 Windows 上运行，通常不需要任何其他软件。然而，如果你使用 dcm2niix 来创建 gz 压缩图像，安装了 pigz 的情况下速度会更快。你可以通过下载 MRIcroGL 获得为你的操作系统编译的 dcm2niix 和 pigz 的版本。
图像转换和压缩
DICOM 提供了许多存储/压缩图像数据的方法，被称为传输语法。COMPILE.md 文件描述了关于如何启用不同选项以提供对更多格式的支持的细节。
- 基本代码包括对原始、运行长度编码和经典 JPEG 无损解码的支持；
- 有损的 JPEG 是由内含的 NanoJPEG 处理，这种支持是模块化的：你可以为 libjpeg-turbo 编译或完全禁用它。
- JPEG-LS 无损支持是可选的，可以通过使用 CharLS 来提供。
- JPEG2000 有损和无损支持是可选的，可以使用 OpenJPEG 或 Jasper 来提供。
- GZ 压缩（例如，创建 .nii.gz 图像）是可选的，可以使用内含的 miniz 或流行的 zlib 提供。特别值得注意的是，Cloudflare 的 zlib 利用现代硬件（自2008年起可用）进行非常快速的压缩。另外，你也可以不使用gzip压缩器来编译dcm2niix。无论你如何编译 dcm2niix，它都可以使用外部程序 pigz 进行并行压缩。
安装
有几种方法可以安装 dcm2niix
- Github Releases 提供最新编译的可执行文件。这是 MacOS 和 Windows 用户的绝佳选择。但是，提供的 Linux 可执行文件需要最新版本的 Linux（例如 Ubuntu 14.04 或更高版本）
- 运行以下命令以获取适用于 Linux、Mac 或 Windows 的最新版本：
curl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_lnx.zipcurl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_mac.zipcurl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_mac_arm.pkgcurl -fLO https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases/latest/download/dcm2niix_win.zip
- 如果你有一台装有 Homebrew 的 macOS 电脑，你可以运行
brew install dcm2niix. - 如果你有 Conda，执行
conda install -c conda-forge dcm2niix在 Linux、MacOS 或 Windows 上安装。 - 在 Debian Linux 计算机上，您可以运行
sudo apt-get install dcm2niix.
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dcm2niix将 dicom序列转为nifti。 dcm2nii 与dcm2niix 网址NITRC。 dcm2nii是一个流行的工具，用于将扫描仪制造商使用的复杂格式(DICOM、PAR/REC)转换为许多科学工具使用的简单NIfTI格式。dcm2nii适用于所有的模式(CT、MRI、PET、SPECT)和序列类型。 注意:dcm2nii通常包含在MRIcron下载中。MRIcron有wind
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Windows中git bash完全可以替代原生的cmd，但是对于git bash会有一些Linux下广泛使用的命令的缺失，比如dcm2niix、wget命令等。 示例1，在bash中添加dcm2niix命令: 1、下载windows版本mricron安装包，地址：https://www.nitrc.org/frs/?group_id=152 2、解压安装包，可以在MRIcroGL\Resourc
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安装连接： https://github.com/rordenlab/dcm2niix 直接按照readme安装即可。注意：如果是使用conda里的某一个环境安装的，那么dcm2niix命令只有再该环境下才起作用，每次使用时需要 conda activate yourEnvName 在终端输入dcm2niix就可以查看各个参数是什么意思，这里我用到的是-f -o ，分别用于覆盖原来的文件和将.n
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dcm2nii这个函数是将医学图像中的dicom格式转换为nii格式的，但是要注意，如果我们想要更多的信息，比如说DTI，处理需要另外两个文件（bval和bvec）option就不能用o,而是应该用a dcm2nii -a filepath
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注： 代码主要根据 dcm2nii.多张dcm 文件转换成nii等其他格式的存储。 进行函数整合，感谢原作者！ #coding=utf-8 import SimpleITK as sitk def dcm2nii(dcms_path, nii_path): # 1.构建dicom序列文件阅读器，并执行（即将dicom序列文件“打包整合”） reader = sitk.ImageSer
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