R插入符号/rfe内培训的交叉验证如何工作

Question

我有一个关于插入符号库中的RFE函数的问题。在插入符号-主页链接上，它们给出了以下RFE算法：算法

对于本例，我使用具有3重交叉验证的RFE函数，使用具有线性SVM和5重交叉验证的train函数。

library(kernlab)
library(caret)
data(iris)

# parameters for the tune function, used for fitting the svm
trControl <- trainControl(method = "cv", number = 5)

# parameters for the RFE function
rfeControl <- rfeControl(functions = caretFuncs, method = "cv",
                     number= 4, verbose = FALSE )

rf1 <- rfe(as.matrix(iris[,1:4]), as.factor(iris[,5]) ,sizes = c( 2,3) ,  
           rfeControl = rfeControl, trControl = trControl, method = "svmLinear")

• 根据上面的算法，我假设该算法将与2个嵌套交叉验证一起工作：
  1. RFE将数据（150个样本）拆分为3个折叠
  2. train函数将在训练集（100个样本）上运行，并进行5次交叉验证，以调整模型参数--以及随后的RFE。

> lapply(rf1$control$index, length)
$Fold1
[1] 100
$Fold2
[1] 101
$Fold3
[1] 99

> lapply(rf1$fit$control$index, length)
$Fold1
[1] 120
$Fold2
[1] 120
$Fold3
[1] 120
$Fold4
[1] 120
$Fold5
[1] 120

干杯

> sessionInfo()
R version 2.15.1 (2012-06-22)
Platform: i386-apple-darwin9.8.0/i386 (32-bit)

locale:
[1] C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] pROC_1.5.4      e1071_1.6-1     class_7.3-5     caret_5.15-048 
 [5] foreach_1.4.0   cluster_1.14.3  plyr_1.7.1      reshape2_1.2.1 
 [9] lattice_0.20-10 kernlab_0.9-15 

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] codetools_0.2-8 compiler_2.15.1 grid_2.15.1     iterators_1.0.6
 [5] stringr_0.6.1   tools_2.15.1   

Answer 1

这里的问题是lapply(RF1$fit$control$index,length）没有存储我们认为它所做的事情。

让我明白有必要查一下代码。在那里发生的情况如下：

调用RFE时，整个数据将传递给nominalrfeWorkflow。