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将Reactome数据库加载到Neo4j失败

经和洽
2023-03-14

我正在尝试将Reactome数据库加载到我的Neo4j桌面上。

我从Reactome网站下载了最新版本的数据库(https://reactome.org/dev/graph-database#GetStarted),我的Neo4j桌面的版本是1.3.4,对于创建的数据库,我使用的是Neo4j 4.1.1(也尝试了4.1.0)。

之后,我提取焦油。gzhtml" target="_blank">文件,并使用Neo4j Desktop中的终端使用以下命令还原数据库中的数据:

bin/neo4j-admin restore --from=/PATH/reactome.graphdb/graph.db --database=graph.db

然后按下启动按钮。Start成功,所以我在Neo4J浏览器中打开了它-在这里它附带了通知:

数据库“neo4j”不可用。运行:sysinfo获取更多信息。

我检查了调试。日志:问题应该出在neo4j中禁用的升级选项中。conf文件调试。日志-屏幕截图

所以我取消了选项:dbms.allow_upgrade=true

但是,当我尝试使用开始按钮运行数据集时,我只收到了通知:

数据库启动失败:DB[Database-e25f8ba8-dea1-4e70-8944-024f73a2eeaf]“v4.1.1”退出,状态为“KILLED”。检查日志

在查看日志后,我发现了这个:neo4j。日志-打印屏幕

我现在真的累坏了。有人知道如何处理这个问题吗?谢谢!

共有1个答案

傅边浩
2023-03-14

您可能希望在reactome中使用以下脚本。图B。转储文件:

bin/neo4j-admin load --from=/PATH/reactome.graphdb.dump --database=reactome --force
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