如何使用pysam.view（）将SAM转换为BAM
我想使用pysam库将SAM文件转换为BAM。我正在尝试从samtools编写此命令：
samtools view -S -b sample.sam > sample.bam
像这样的python代码：
pysam.view("-S", "-b", "sample.sam", ">", "sample.bam")
根据这份文件。但不幸的是，它不起作用。我怎么做？我应该先创建一个空的BAM文件，还是自动创建？最后我有一个错误：
SamtoolsError:“samtools返回错误1:stdout=b'\x1f\x8b\x08\x04\x00\x00\x00\xff\x06\x00BC\x02\x004\x01\x9dQMO\x83@\x10\xa5G\xfa\xccz\xb3\x87\xfd\xa2\xa0\x86\x83\xa9\xad\xdi\t\x16\xc3u\xb3\xc0”
提前谢谢你！
共有1个答案
你有没有试过关掉它？
pysam.view("-S", "-b", "sample.sam", ">", "sample.bam", catch_stdout=False)
-
问题内容： 如何在Java中将十六进制颜色转换为RGB代码？在Google中，大多数示例是关于如何从RGB转换为十六进制的。 问题答案： 我想应该这样做：
-
问题内容： 对于此测试XML页面，以下代码可以很好地运行： 但是，如何修改此代码以从此欧洲中央银行页面获取利率数据？ 参考： http://www.fyneworks.com/jquery/xml-to-json/#tab-用法 使用JavaScript获取数据 问题答案： 请尝试以下方法。我已经在FF 3.6和Chrome 6上对其进行了测试，它可以正常工作。
-
问题内容： 我正在从返回JSON格式数据的服务器请求数据。发出请求时，将HashMap转换为JSON并不难，但另一种方式似乎有些棘手。JSON响应如下所示： 哪种方法最容易访问此数据？我正在使用GSON模块。 问题答案： 干得好：
-
问题内容： 在我的Android项目中，我试图将收到的JSONArray转换为List。借助这个SO答案，我走得更远。我现在有以下代码： 不幸的是，它在最后一行抱怨Gson类型的fromJson（String，Type）方法不适用于参数（JSONArray，Type）。我真的不知道该怎么解决。 有人知道我该怎么解决吗？ 问题答案： 如果您在此处看到答案，您会注意到该方法中的第一个参数是（json对
-
问题内容： 我想将输入的Excel文件转换为输出XML文件。 如果有人在Java中对如何获取输入Excel文件以及如何将XML写入输出有任何解决方案，请提供任何代码或URL或任何其他解决方案。 谢谢， 米沙尔·沙（Mishal Shah） 问题答案： 查看jexcel或Apache POI库以读取Excel文件。 创建XML文件很简单，只需将XML直接写到文件中，或附加到XML文档中，然后使用标准
-
本文向大家介绍如何使用Python将HTML转换为PDF，包括了如何使用Python将HTML转换为PDF的使用技巧和注意事项，需要的朋友参考一下 Python提供了Pdfcrowd API v2，可将HTML文档转换为PDF。该API非常易于使用，集成仅需要几行代码。 安装 从网页/ HTML到PDF的以下3个步骤将完成转换 步骤1-下载库pdfkit 步骤2-现在下载wkhtmltopdf 对