RStudio和Shiny在一个dockerfile中

Question

我正在研究docker，以发布一个同样需要RStudio的闪亮应用程序。主要目标是在Windows下方便地在医院安装。在非IT人员的安装过程中，任何需要将字符输入到黑匣子的操作都肯定会失败。

我之前的尝试使用了vagrant，但事实证明，单独安装vagrant是一个障碍。

rocker存储库，有一个RStudio和一个Shiny，对于我自己的安装，两者都可以一起工作。但是，我想创建一个组合应用程序以便于安装。

推荐的工作流程是什么？从RStudio开始，手动添加Shiny？或者从r-base开始合并来自两个Rocker的dockerfiles代码？还是使用撰写工具？

Answer 1

我开发了一个可工作的单docker

• R

我构建它的原因与@Dieter Menne提到的完全相同。它可能不适合操作系统，但它非常适合开发人员（尤其是如果团队成员都使用不同的环境。如mac、windows等）。

它在Centos 6上，因为这是环境。我在工作中使用。

这是dockerfile：

FROM centos:centos6.7
MAINTAINER enzo smartinsightsfromdata 

RUN yum -y install epel-release
RUN yum update -y && yum clean all
# RUN yum reinstall -y glibc-common
RUN yum install -y locales java-1.7.0-openjdk-devel tar

# Misc packages

RUN yum groupinstall -y "Development Tools" 

# R devtools pre-requisites:
RUN yum install -y wget git xml2 libxml2-devel curl curl-devel openssl-devel


WORKDIR /home/root
RUN yum install -y R

RUN wget http://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-7.tar.gz
RUN R CMD INSTALL rJava_0.9-7.tar.gz
RUN R CMD javareconf \
    && rm -rf rJava_0.9-7.tar.gz

#-----------------------

# Add RStudio binaries to PATH
# export PATH="/usr/lib/rstudio-server/bin/:$PATH"
ENV PATH /usr/lib/rstudio-server/bin/:$PATH 
ENV LANG en_US.UTF-8

RUN yum install -y openssl098e supervisor passwd pandoc

# RUN wget http://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.484-x86_64.rpm
# Go for the bleading edge:
RUN wget https://s3.amazonaws.com/rstudio-dailybuilds/rstudio-server-rhel-0.99.697-x86_64.rpm
RUN yum -y install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.697-x86_64.rpm \
    && rm -rf rstudio-server-rhel-0.99.484-x86_64.rpm

RUN groupadd rstudio \
    && useradd -g rstudio rstudio \
    && echo rstudio | passwd rstudio --stdin 

RUN R -e "install.packages(c('shiny', 'rmarkdown'), repos='http://cran.r-project.org', INSTALL_opts='--no-html')"
RUN wget https://download3.rstudio.org/centos5.9/x86_64/shiny-server-1.4.0.756-rh5-x86_64.rpm
RUN yum -y install --nogpgcheck shiny-server-1.4.0.756-rh5-x86_64.rpm \
    && rm -rf shiny-server-1.4.0.756-rh5-x86_64.rpm

RUN mkdir -p /var/log/shiny-server \
    && chown shiny:shiny /var/log/shiny-server \
    && chown shiny:shiny -R /srv/shiny-server \
    && chmod 777 -R /srv/shiny-server \
    && chown shiny:shiny -R /opt/shiny-server/samples/sample-apps \
    && chmod 777 -R /opt/shiny-server/samples/sample-apps 

COPY supervisord.conf /etc/supervisor/conf.d/supervisord.conf
RUN mkdir -p /var/log/supervisor \
    && chmod 777 -R /var/log/supervisor


EXPOSE 8787 3838

CMD ["/usr/bin/supervisord", "-c", "/etc/supervisor/conf.d/supervisord.conf"] 

这是监督的方式。conf文件如下所示：

[supervisord]
nodaemon=true
logfile=/var/log/supervisor/supervisord.log
pidfile = /tmp/supervisord.pid


[program:rserver]
user=root
command=/usr/lib/rstudio-server/bin/rserver
stdout_logfile=/var/log/supervisor/%(program_name)s.log
stderr_logfile=/var/log/supervisor/%(program_name)s.log
startsecs=0
autorestart=false

[program:shinyserver]
user=root
command=/usr/bin/shiny-server
stdout_logfile=/var/log/supervisor/%(program_name)s.log
stderr_logfile=/var/log/supervisor/%(program_name)s.log
autorestart=false

它可以在我的github页面上获得：智能视觉来自数据

我还为centos上的Shining server pro开发了一个工作docker（使用Shining server pro临时版，仅45天有效）。

Answer 2

有趣的问题，但我不确定我是否理解从同一个容器提供闪亮服务器和rdios服务器实例的优势。

目的是使两个容器共享相同的R库（例如，不需要在每个容器上单独安装一个包），还是仅仅拥有一个docker容器而不是两个？仅仅运行两个docker命令而不是一个看起来并不那么繁重，但也许我低估了这一点。

不过，共享底层库似乎是一个有效的目标，我认为目前还没有理想的解决方案。

我觉得最像docker风格的解决方案是通过您提到的容器编排/组合工具来实现这一点。这是将单独的服务（例如web服务器和数据库）组合在一起的常用方法，而无需在另一个服务之上构建一个服务。

不幸的是，用于基于映射卷的编排的工具远不如用于映射端口的工具开发得那么好。

想象一下，将rstudio作为卷容器运行：

docker run --name rstudio -v /usr/local/lib/R/site.library rocker/rstudio true

（如果您希望同时访问RStudio，可以将其作为运行：）

docker run --name rstudio -dP -v /usr/local/lib/R/site.library rocker/rstudio

然后，您可以使用该网站。使用以下命令从rstudio容器中删除库，以代替闪亮容器上的库：

docker run --volumes-from rstudio -dP rocker/shiny

不幸的是，这破坏了网站。容器的库。为了解决这个问题，您需要将rstudio容器库装载到不同的位置，但是没有像我们已经使用的端口链接那样简单的语法。但是可以这样做，请参阅：

如何使用Docker的卷映射卷路径？

在摇杆回购中也有一个关于这个问题的开放线程。

Answer 3

Docker的要点通常是隔离服务，以便在不影响其他服务的情况下对其进行更新/更改。我的建议是使用docker compose。下面是一个示例docker compose yaml文件，该文件使用Jason Wilder开发的非常有用的docker gen在同一服务器的不同子域上为rstudio和Shining提供服务。下面使用的所有R docker图像均由Rocker或更直接的Rocker docker Hub提供。这些都非常可靠，因为是德克·艾德尔布特尔和卡尔·博蒂格制作的。在这个例子中，我还为RStudio提供了一些选项，例如设置用户/过程以及用户是否具有根访问权限。有关使用Rocker RStudio图像的更多说明，请访问此wiki页面：

更改以下内容：

• 您的用户在服务器上的用户名
• 将一些用户设置为您所需的RStudio用户名
• 将一些密码传递给您想要的Rstudio密码
• *.域。tld到您的域，不要忘记为您的子域添加记录

nginx1:
  image: nginx
  container_name: nginx
  ports:
  - "80:80"
  - "443:443"
  volumes:
    - /etc/nginx/conf.d
    - /etc/nginx/vhost.d
    - /usr/share/nginx/html
    - /home/your_user/services/volumes/proxy/certs:/etc/nginx/certs:ro

nginx-gen:
  links:
    - "nginx1"
  image: jwilder/docker-gen
  container_name: nginx-gen
  volumes:
    - /var/run/docker.sock:/tmp/docker.sock:ro
    - /home/your_user/services/volumes/proxy/templates/nginx.tmpl:/etc/docker-gen/templates/nginx.tmpl:ro
  volumes_from:
    - nginx1
  entrypoint: /usr/local/bin/docker-gen -notify-sighup nginx -watch -only-exposed -wait 5s:30s /etc/docker-gen/templates/nginx.tmpl /etc/nginx/conf.d/default.conf

rstudio:
  links:
    - "nginx1"
  image: rocker/hadleyverse
  container_name: rstudio
  ports:
    - "8787:8787"
  environment:
    - VIRTUAL_PORT=8787
    - ROOT=TRUE
    - VIRTUAL_HOST=rstudio.DOMAIN.tld
    - USER=SOME_USER
    - PASSWORD=SOME_PASS

shiny:
  links:
    - "nginx1"
  image: rocker/shiny
  container_name: shiny
  environment:
    - VIRTUAL_HOST=shiny.DOMAIN.tld
  volumes:
    - /home/your_user/services/volumes/shiny/apps:/srv/shiny-server/
    - /home/your_user/services/volumes/shiny/logs:/var/log/
    - /home/your_user/services/volumes/shiny/packages:/home/shiny/

例如，添加更多服务（如博客）很简单，只需遵循模式或在互联网上搜索docker compose版本的服务并添加即可。