在构建期间在Dockerfile中激活和切换Anaconda环境

Question

我已经尝试了几个小时，但不知道如何在构建过程中在 Dockerfile 中激活和切换 anaconda 环境

这是初始代码：

FROM nvidia/cuda:10.1-cudnn7-devel-ubuntu16.04

# Set user
ENV SETUSER myuser

RUN useradd -m $SETUSER
USER $SETUSER
WORKDIR /home/$SETUSER

# Install Anaconda
RUN wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.03-Linux-x86_64.sh
RUN bash Anaconda3-2019.03-Linux-x86_64.sh -b
RUN rm Anaconda3-2019.03-Linux-x86_64.sh

# Set path to conda
ENV CONDA_ENV_NAME mynewenv
RUN /home/$SETUSER/anaconda3/condabin/conda create -q --name $CONDA_ENV_NAME python=3.6 && \
    /home/$SETUSER/anaconda3/condabin/conda clean --yes --all
RUN /home/$SETUSER/anaconda3/condabin/conda activate base #Just for testing anaconda environment

起初，Docker 中的 anaconda 会抱怨 shell 设置不正确，因此在 conda 创建命令之后，我添加了：

RUN /home/$SETUSER/anaconda3/condabin/conda init bash
RUN /bin/bash -c "source /home/$SETUSER/.bashrc"
RUN /home/$SETUSER/anaconda3/condabin/conda activate base

在构建docker映像后运行这3个命令是可行的(即在调用docker run container-name后交互运行)，但由于某种原因，在构建容器时不起作用。我发现$PATH变量在构建期间没有被更新，所以在构建时和构建后比较我的$PATH。

ENV PATH /home/$SETUSER/anaconda3/envs/$CONDA_ENV_NAME/bin:$PATH
ENV PATH /home/$SETUSER/anaconda3/condabin:$PATH
ENV PATH /home/$SETUSER/anaconda3/bin:$PATH
RUN conda init bash
RUN /bin/bash -c "source /home/$SETUSER/.bashrc"
RUN conda activate base

现在，构建时的Docker $PATH和构建后运行容器时交互修改的$PATH是相同的，但是我仍然得到shell没有正确设置的错误。

CommandNotFoundError:您的shell未正确配置为使用“conda activate”。要初始化shell，请运行$condainit。当前支持的shell有：-bash-fish-tcsh-xonsh-zsh-powershell有关更多信息和选项，请参阅“condainit--help”。重要提示：运行“conda init”后，可能需要关闭并重新启动shell。

为什么这不起作用？？？

我已经看到使用miniconda docker模板可能有解决方法，但我不能使用它。在Docker构建过程中，如何创建和切换蟒蛇环境？谢谢

Answer 1

我还没有用英伟达镜像对其进行测试，但多阶段Docker构建应该可以帮助您，这可能看起来像：

# get Miniconda docker image to get a installed conda env; WARNING: That image is Debian based
FROM continuumio/miniconda3:latest AS miniconda


# your Docker commands
FROM nvidia/cuda:10.1-cudnn7-devel-ubuntu16.04

# Set user
ENV SETUSER myuser

RUN useradd -m $SETUSER
USER $SETUSER
WORKDIR /home/$SETUSER


# Miniconda: get necessary files from build
COPY --from=miniconda /opt/conda /opt/conda
# Set correct permissions
RUN chown -R $SETUSER: /opt/conda
#   New terminals will have conda active
# If nvidia's Docker image has no .bashrc
# COPY --from=miniconda /home/$SETUSER/.bashrc
# else
RUN echo ". /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.bashrc && \
    echo "conda activate base" >> ~/.bashrc

# switch shell sh (default in Linux) to bash
SHELL ["/bin/bash", "-c"]

# give bash access to Anaconda, then normal anaconda commands, e.g. (-q: quiet, -y: answer yes)
RUN source /home/$SETUSER/.bashrc \
 && conda create -q --name testy \
 && conda activate testy \
 && conda install -y your_package

从这个 GitHub 问题中获得的灵感：https://github.com/ContinuumIO/docker-images/issues/89

Answer 2

假设您要安装 conda 环境并在其中运行某些内容，则此方法使用 ENV PATH 在该 conda 环境中间接启动 python。人们可能会想知道这种方法是否真的激活了环境，但只要后续命令有效，而且确实有效，这可能并不重要。

FROM continuumio/miniconda3:latest
WORKDIR myappdir
COPY environment.yml .
RUN set -x && \
#   apt-get update && apt-get -y install gcc && \
    conda install -n base -c defaults conda=4.* && \
    conda env create -n condaenv  # Installs environment.yml && \
    conda clean -a
COPY myapppkg myapppkg
ENV PATH /opt/conda/envs/condaenv/bin:$PATH
ENTRYPOINT ["python", "-m", "myapppkg"]

我建议不要使用conda run，因为它是实验性的，因为有严重的错误历史，比如这个影响它的错误。尽管这个特定的错误现在已经修复，但它持续的“实验”性质，如conda run-h所示，这意味着它可能会再次中断上游，限制人们对它的信任。

供参考：

< Li > Miniconda Docker标签列表 < li >按渠道列出的conda更新列表:默认值，conda-forge

Answer 3

您的 Docker 文件中有太多的 RUN 命令。这不仅仅是每个 RUN 都会在映像中创建一个新层。此外，每个 RUN 命令都会启动一个新的外壳程序，并且 conda 激活仅适用于当前外壳程序。

您应该将逻辑操作组合并到一个运行命令中。使用<代码>

RUN conda activate <myenv> \
 && conda install <whatever> \
 && ...

请记住：在RUN命令结束时，shell将消失。因此，如果您之后想对conda环境做其他事情，您必须再次运行conda激活，否则使用-n

当您从映像启动容器时，您还必须在容器内调用conda active。