Ubuntu 12.04 Rinstall.packages（）不工作。没有警告，没有安装

Question

我正在运行一个ubuntu 12.04实例，加载了R3.0.2，但无法安装。packages（）安装软件包。它下载文件，但似乎没有安装它们。我是不是遗漏了什么？在运行ubuntu R实例之前，我从未遇到过这样的问题。顺便说一句，我已经尝试从命令行使用sudoR实例化根进程，但仍然没有警告，也没有安装。顺便说一下，这个问题在我尝试安装的所有软件包中都是一致的。

下面是一个示例：

> install.packages("dataview")
Installing package into ‘/home/ubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
also installing the dependency ‘xtermStyle’

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/xtermStyle_2.2-4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 15265 bytes (14 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 14 Kb

trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/dataview_1.4-8.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 10696 bytes (10 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 10 Kb


The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/Rtmp6FevA0/downloaded_packages’
> library(dataview)
Error in library(dataview) : there is no package called ‘dataview’ 

值得一提的是，我使用以下shell命令安装了R。

#remove old versions
sudo apt-get remove r-base-core
#Adding deb to sources.list
sudo nano /etc/apt/sources.list    
deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu precise/

# Add key to sign CRAN packages
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
#Add specific PPA to the system
sudo add-apt-repository ppa:marutter/rdev
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
#installing
sudo apt-get install r-base
sudo apt-get install r-base-dev

提前感谢您的任何帮助。

Answer 1

从我过去的经验中，我可能有一些建议，希望能有所帮助：

我会把R作为超级用户sudo su运行。然后会尝试安装软件包。还要确保将包安装在默认位置，R尝试从中加载我相信/usr/本地/lib/R/站点库的包。

尝试一下，看看它是否有效。如果不是这样，我还会尝试另一种方法来欺骗R，方法是将/home/ubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0中安装的软件包复制到/usr/local/lib/R/site-libraryroot，看看是否有帮助。

祝你好运

Answer 2

当我在Ubuntu 12.04上安装R Server时，我忘记设置交换：https://www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-add-swap-on-ubuntu-12-04

当我根据上面的教程设置交换时，它允许我安装R包。这可能是你遇到的问题。

Answer 3

最后(！！！)想通了这一点。是安装Apache2时mongodb和R的install.packages()命令冲突(通过lamp，其他安装我没有确认)。要解决这个问题，只需运行

sudo service mongodb stop

，然后进入 R 并安装包。您可以在安装所需的软件包后重新启动mongo服务器。希望这有助于某人。要重现“错误”（我知道，我知道 - 不是真的错误），请使用以下配置在EC2上创建一个框（尽管我认为问题不是EC2独有的）：

#install mongodb:
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv 7F0CEB10
echo 'deb http://downloads-distro.mongodb.org/repo/ubuntu-upstart dist 10gen' | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/10gen.list
sudo apt-get update
sudo apt-get install mongodb-10gen

#install lamp server:
sudo tasksel #get lamp and openssh 

#install R
sudo nano /etc/apt/sources.list   
deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu precise/
gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
sudo R

内部R：

安装packages（“dataview”）#或其他包

软件包将下载，但不会像上面原始文章中提到的那样安装。

要解决，只需停止shell上的mongo服务器

sudo service mongodb stop

返回R并安装您的包，然后返回shell并重新启动服务器。任何关于导致冲突的原因的说明（或者通常调试此类问题，而不是在整个过程中逐步重新尝试命令）都将不胜感激。请注意，如果只有mongob服务器在未安装Apache的情况下运行，则install.packages（）命令可以正常工作，但停止Apache服务器并不能解决冲突。

作为参考，这是一个Ubuntu 12.04 64位实例，具有R 3.0.2、Mongodb-10gen和Apache2。