有没有一种方法可以快速访问一个OWL（RDF/XML）文件中的所有注释和子注释？

Question

所以我在Protege中构建了一个本体，它有注释和子注释。我的意思是，一个概念可能有一个定义，而这个定义可能有一个注释。

'http://purl.fakeiri.org/ONTO/1111' --> 'label' --> 'Term'

'Term' --> 'comment' --> 'Comment about term.'

我正在尝试使用Flask应用程序（我正在使用Python解析本体文件）使本体易于查询，但我似乎无法快速获得所有的注释和子注释。

我开始使用owlready2包，但它要求您html" target="_blank">自定义每个单独的注释属性（您不能仅仅获得所有注释属性的列表，因此如果添加类似random_identifier的属性，您必须返回代码并添加entity.random_identifier，否则将不会获得它）。这工作正常，它非常快，但是子注释需要加载IRI，然后搜索它：

random_prop = IRIS['http://schema.org/fillerName']
sub_annotation = x[entity, random_prop, annotation_label]

这是非常慢的，加载搜索大约140个子注释类型需要5-10分钟，而只搜索注释大约需要3-5秒。

从那时起，我决定放弃owlready2而尝试rdflib。但是，看起来子注释只是作为BNodes附加的，我不知道如何通过它们的“父”注释访问它们，或者这是否可能。

TL；DR：有人知道如何访问一个条目并在XML/RDF本体文件中快速收集它的所有注释和子注释吗？

    <!-- http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C42610 -->

    <owl:Class rdf:about="http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C42610">
        <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C42698"/>
        <obo:IAO_0000115 xml:lang="en">A shortened form of a word or phrase.</obo:IAO_0000115>
        <oboInOwl:hasDbXref rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#anyURI">https://en.wikipedia.org/wiki/Abbreviation</oboInOwl:hasDbXref>
        <rdfs:label xml:lang="en">abbreviation</rdfs:label>
        <schema:alternateName xml:lang="en">abbreviations</schema:alternateName>
        <Property:P1036 rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#integer">411</Property:P1036>
    </owl:Class>
    <owl:Axiom>
        <owl:annotatedSource rdf:resource="http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C42610"/>
        <owl:annotatedProperty rdf:resource="https://www.wikidata.org/wiki/Property:P1036"/>
        <owl:annotatedTarget rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#integer">411</owl:annotatedTarget>
        <schema:bookEdition rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#integer">20</schema:bookEdition>
    </owl:Axiom>

太感谢你们了！

Answer 1

从你的问题中，我认为“次注释”的层次只有一个深。如果是这种情况,您可以执行SPARQL查询,如下所示：

SELECT ?annProp ?annValue ?subAnn ?subValue
WHERE { 
   ?annProp a owl:AnnotationProperty .
   <the:concept> ?annProp ?annValue . 
   OPTIONAL { ?annValue ?subAnn ?subValue . }
}

这将检索给定概念the:concept的所有注释属性及其值，并且如果该注释有“子注释”，它也检索该子注释。