安装rJava-"配置：错误：一个或多个JNI类型不同于相应的本机类型"

Question

我在R3.0.1上安装rJava时遇到了这个问题："配置：错误：一个或多个JNI类型不同于相应的本机类型"

详细信息附于下文。我搜索了类似的问题，但我的问题有点棘手，许多建议的解决方案要么不起作用，要么我无法尝试，因为我使用的服务器没有对系统库的写访问权限。

操作系统：Linux 2.6.18-348.6.1。el5#1 SMP Tue May 21 15:44:27美国东部夏令时2013 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux（键入“uname-a”提供的信息抱歉，我无法完全理解此信息）

R： R3.0.1，我下载了源代码，放在我的主目录中，并从源代码构建了R。

rJava：我运行'install.packages（"rJava"）'，在安装过程中我得到了：

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检查R中的Java支持。。。出席：
解释器：'/usr/bin/java'
存档者：'/usr/bin/jar'
编译器：'/usr/bin/javac'
标题准备：'/usr/bin/javah'
cpp标志：'-I/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.9。x86_64/jre//包括-
I/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.9。x86_64/jre//包括/linux'
javalibs:'-L/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.9。x86_64/jre/lib/amd64/se
服务器-ljvm'
正在检查是否可以编译JNI程序。。。是
正在检查JNI数据类型。。。配置：错误：一个或多个JNI类型与相应的本机类型不同。您可能需要使用非标准编译器标志或不同的编译器来修复此问题
错误：包“rJava”的配置失败
*正在删除“/home/me/R-3.0.1/library/rJava”

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因为我只能远程访问服务器，所以我对主目录/home/me之外的任何内容都没有写访问权限。

任何信息将高度赞赏！

Answer 1

使用linux，特别是64位Gentoo，我的解决方案是将以下行添加到/etc/env。d/20java配置

LD_LIBRARY_PATH="/etc/java-config-2/current-system-vm/jre/lib/amd64:/etc/java-config-2/current-system-vm/jre/lib/amd64/server"

然后

• 运行环境更新
• 来源/etc/profile
• 启动rstudio（或者如果您使用GUI菜单，则注销并登录以加载环境）

上述更改需要由root进行，但在下次登录时将适用于使用同一系统的非root用户。

基本上，rJava conf测试无法找到libjvm。因此，conftest程序将编译，但不会链接：）

Answer 2

我在我的mac OSx El Capitan上遇到了同样的问题。我尝试使用“R CMD javareconf”更新R使用的java路径/环境，但没有效果。

最后，我看到当我运行“R CMD javareconf”时，我的Java库路径：在输出为空。通过进一步挖掘，我发现我的JAVA_HOME没有像这里所指出的那样设置正确https://stackoverflow.com/a/3311983。我不得不在JAVA_HOME路径中添加额外的 /jre。

Answer 3

我在尝试安装时遇到了同样的问题。软件包（“rJava”）在R版本3.0.2中，只要我尝试作为普通用户安装（Linux、Debian）。运行install时没有问题。包（“rJava”）作为根目录。然后，尝试library（rJava）对root用户有效，但对作为用户的我无效：

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/usr/usr.local.original.Debian/lib/R/site-library/rJava/libs/rJava.so':
  libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory

这个问题需要添加环境变量JAVA_HOME和LD_LIBRARY_PATH到~/. log（以下说明在Ubuntu上设置Java环境路径的麻烦（libjvm.so：无法打开共享对象文件：没有这样的文件或目录））：

setenv JAVA_HOME /usr/lib/jvm/java-7-oracle/
setenv LD_LIBRARY_PATH $JAVA_HOME/jre/lib/amd64:$JAVA_HOME/jre/lib/amd64/server

# For c-shell; for bash, it would have to be:
export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-7-oracle/
export LD_LIBRARY_PATH=$JAVA_HOME/jre/lib/amd64:$JAVA_HOME/jre/lib/amd64/server

所以，你必须让系统管理员为你安装rJava，然后设置你的环境变量，当然，在R中设置你自己的. libPaths（），比如找到rJava。