安装rJava-“configure：error：一个或多个JNI类型与相应的本机类型不同”

Question

在R3.0.1上安装rJava时，我遇到了这个问题：“configure：error：一个或多个JNI类型不同于对应的本机类型”

详细消息附于下文。我搜索了类似的问题，但我的问题有点棘手，许多建议的解决方案要么不起作用，要么我无法尝试，因为我工作的服务器没有系统库的写访问权限。

操作系统：Linux 2.6.18-348.6.1.EL5#1 SMP Tue 5月21日15:44:27 EDT 2013 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux（输入“uname-a”给出的信息很抱歉我不太理解这些信息）

R:r3.0.1，我下载了源代码，放在我的主目录中，并从源代码构建R。

rjava：我运行了“install.packages（”rjava“）”，在安装过程中，我得到了：

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正在检查R中的Java支持..当前：
解释器：“/usr/bin/java”
存档器：“/usr/bin/jar”
编译器：“/usr/bin/javac”
头准备：“/usr/bin/javah”
CPP标志：“-i/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.9.x86_64/jre/../include-
i/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.9.x86_64/jre/../include/linux”
Java库：“是
正在检查JNI数据类型...configure：error：一个或多个JNI类型与
对应的本机类型不同。您可能需要使用非标准编译器标志或
其他编译器来修复此问题。
错误：包“r java”的配置失败
*正在删除“/home/me/r-3.0.1/library/rjava”

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因为我只能远程访问服务器，所以我没有对主目录/home/me之外的任何内容的写访问权限。

如有任何信息，将不胜感激！

Answer 1

我在R版本3.0.2中尝试install.packages（“rjava”）时遇到了同样的问题，只要我尝试以普通用户(Linux、Debian)的身份安装。以root用户身份运行install.packages（“rjava”）没有问题。然后，尝试library(rJava)对root有效，但对作为用户的我无效：

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/usr/usr.local.original.Debian/lib/R/site-library/rJava/libs/rJava.so':
  libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory

此问题要求将环境变量java_home和ld_library_path添加到~/.login中（以下说明在Ubuntu上设置Java环境路径时遇到问题（libjvm.so：无法打开共享对象文件：没有这样的文件或目录））：

setenv JAVA_HOME /usr/lib/jvm/java-7-oracle/
setenv LD_LIBRARY_PATH $JAVA_HOME/jre/lib/amd64:$JAVA_HOME/jre/lib/amd64/server

# For c-shell; for bash, it would have to be:
export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-7-oracle/
export LD_LIBRARY_PATH=$JAVA_HOME/jre/lib/amd64:$JAVA_HOME/jre/lib/amd64/server

因此，您必须让系统管理员为您安装rJava，然后设置环境变量，当然，还要在R中设置自己的.libpaths()，以便查找rJava。