在Linux服务器上安装多个用户使用的R软件包的位置？

Question

我们正在AWS托管的CentOS Linux服务器上运行RStudio Server。服务器上有多个用户，每个用户都使用RStudio服务器。我们希望所有用户都有一个安装软件包的公共路径，以便：

1. 每个用户不需要为其RStudio用户配置文件安装每个软件包
2. 如果一个人更新包，则每个用户都将使用更新后的

这样做最好的程序是什么？

我提出的解决方案如下，但失败了：

保存现有用户包列表：

> save.pkg.list <- installed.packages()[is.na(installed.packages()[ , "Priority"]), 1]
> save(save.pkg.list, file="pkglist.Rdata")

删除用户包：

> remove.packages(save.pkg.list)

然后，我的想法是将软件包从save.pkg.list安装到root下的一个文件夹中。似乎已有共享文件夹/usr/share/r/library，其中包含我的库路径中的一个包：

.libPaths() [1] "/home/ursus/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1" "/usr/lib64/R/library" "/usr/share/R/library"

为了测试它，我尝试将一个包安装到共享文件夹中，看看服务器上的其他用户是否可以在他们的R实例中使用它。安装失败，很可能是因为它在root下，我假设我需要使用sudo特权（我有），但不确定如何将这些特权传递给R以进行包安装过程：

install.packages("dlm", lib = "/usr/share/R/library") Warning in install.packages : 'lib = "/usr/share/R/library"' is not writable

最后，我假设需要对r_libs_site和r_libs_user环境变量进行一些更改，以控制默认的包安装/加载行为。但是，我还没到。

Answer 1

我从来没试过，但我不明白为什么这不起作用：

您可以使用.libpaths()设置库目录（不仅是为了获取库目录），那么为什么不让每个人都使用一个可被每个人写入的公共目录作为libpath呢？每个用户都可以在其.rprofile中放入如下内容

.libPaths( c(.libPaths(), "/path/to/shared/lib") )

那么该路径将是每个人安装/检索包的默认位置。

这种方法的一个问题是，每个人仍然拥有自己的原始libPath，因此，如果他们试图更新现有的包，它将更新自己的版本。您可以通过将libpath仅设置为新路径而不是追加到新路径来克服这一问题。

注意，这有时会产生不好的后果，有时a人的代码依赖于某个版本的包，然后B人更新包，然后a人5分钟后再次运行他的代码，突然它就坏了，他们完全不知道为什么。