我有一个很大的文件,我想使用< code>awk来分割它,并根据第一列中的值来命名它。
终端上的awk
命令将用作:
cat phased.MySpF1.vcf | awk '!/^#/{print>$1}'
从而根据第一列的值创建像1、2、3这样的独立文件。
我想把这个命令放在python2文件中,这样我就可以将分割的文件存储在另一个子目录中,这使得在后面的部分中访问每个块变得容易。
# create a directory to store the splitted files:
if os.path.exists('SplitVCF'):
shutil.rmtree('SplitVCF', ignore_errors=False, onerror=None)
os.makedirs('SplitVCF')
# now split the vcf file
split_cmd = ['cat', vcf_path, '|', 'awk', '!/^#/{print>$1}']
subprocess.Popen(split_cmd, stdout='SplitVCF/')
#or,
subprocess.call(split_cmd, stdout='SplitVCF/')
但是,我收到的错误是:
Traceback (most recent call last): File "phaser.py", line 2167, in <module> main(); File "phaser.py", line 227, in main subprocess.Popen(split_cmd, stdout='SplitVCF/') File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 386, in __init__ errread, errwrite), to_close = self._get_handles(stdin, stdout, stderr) File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 823, in _get_handles c2pwrite = stdout.fileno() AttributeError: 'str' object has no attribute 'fileno'
从文档中
stdin、stdout和stderr分别指定执行程序的标准输入、标准输出和标准错误文件句柄。有效值为PIPE、现有文件描述符(正整数)、现有文件对象和无
所以不是一串。相反,做
with open('a/file/path', 'w') as out:
subprocess.Popen(split_cmd, stdout=out)
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